啡因促进谷胱甘肽酶的分泌，后者为肝脏解毒和消除自由基最重要的酵素。咖啡所含的咖啡因及茶碱扩张肠壁的血管并缓和肠炎。咖啡灌肠所注入的咖啡，清洁了肛门附近左侧的大肠，此处为大肠最容易藏污纳垢、宿便最多及恶菌繁殖力最强的地方。口服的咖啡会刺激胃壁，其所含的杀菌成份，对于大肠上部的有益菌不利。咖啡灌肠处理了肝脏每日所排出的毒素，对维护肝脏的健康有很大的助益，此解释了咖啡灌肠对癌症病患的意义。
所以咖啡灌肠可改善便秘，增加益菌，保持肠内细菌的平衡。有助于预防老化，可帮助改善异位性皮肤炎、荨麻疹等过敏症状。促进血液循环、淋巴腺循环，进而改善多种皮肤问题。可促进新陈代谢，对於肥胖者控制体重有所帮助。排除体内毒素后，可改善慢性疲劳、头痛或肩膀痠痛等症状。可帮助改善肝功能，使身体状况良好。可预防便秘及改善生活习惯。并未有科学证明咖啡灌肠有减肥的作用。
