长期携带者中一部分进展为慢性迁延性肝炎，小部分成为慢性活动性肝炎，也可能处于肝硬变形成阶段，有个别携带者可能演变成肝癌。具体地说，转归有4种情况。
自然转阴。随着时间推移，机体免疫状态改善，部分携带者的乙肝表面抗原可自行转阴。国内报道，凡是母婴垂直传播的携带者，乙肝表面抗原的自然阴转率很低，一般低于2%，18岁以后的青壮年的自然阴转率在1。25%～3。4%，同时有e抗原阳性者更难转阴。
持续稳定的终身乙肝表面抗原携带状态。有不少患者终身携带乙肝表面抗原，发现乙肝表面抗原数十年阳性。在曾经报道218例无症状乙肝表面抗原携带者中，有48。2%的肝脏有轻微病理变化，这种变化就是相对稳定的一种乙肝病毒持续感染的低反应状态。
有一部分人在携带过程中出现肝功异常，发生临床显性肝炎。其中乙肝表面抗原与e抗原持续阳性者易发展成慢性肝炎，还有少数是与丁型肝炎重叠感染，个别还不能排除其它病毒引起的肝损害。
发生慢性活动性肝炎、肝硬变甚至肝癌。有人认为发生慢性活动性肝炎者可达1%～3%，少数人可发展为非活动性肝硬变，已发生肝硬变的患者中9。 9%～16。6%有发生肝癌的机会，个别报告有42。1%可伴发肝细胞癌。研究表明，乙肝表面抗原携带者比非携带者发生原发性肝细胞癌的危险率大 200～300倍。演变为肝癌的关键是乙肝表面抗原阳性者的乙肝病毒去氧核糖核酸的基因序列已经整合到该携带者的肝细胞核中。
