临床表现为长期慢性、或反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等症，重者可有黏液便或水样便。腹泻程度轻重不一，轻者每日排便3～4次，或腹泻便秘交替出现;重者可每1～2小时一次，甚至出现大便失禁。部分患者可有夜间腹泻和(或)餐后腹泻。直肠严重受累时，可出现里急后重感。粪质多呈糊状，混有大量黏液，常带脓血。
慢性溃疡型结肠炎的最初表现可有许多形式。血性腹泻是最常见的早期症状。其他症状依次有腹痛、便血、体重减轻、里急后重、呕吐等。偶尔主要表现为关节炎，虹膜睫状体炎，肝功能障碍和皮肤病变。发热则相对是一个不常见的征象，在大多数患者中本病表现为慢性、低恶性，在少数患者(约占15%)中呈急性、灾难性暴发的过程。这些患者表现为频繁血性粪便，可多达30次/天，和高热、腹痛。
体征与病期和临床表现直接相关，患者往往有体重减轻和面色苍白，在疾病活动期腹部检查时结肠部位常有触痛。可能有急腹症征象伴发热和肠鸣音减少，在急性发作或暴发型病例尤为明显。中毒性巨结肠时可有腹胀、发热和急腹症征象。由于频繁腹泻，肛周皮肤可有擦伤、剥脱。还可发生肛周炎症如肛裂或肛瘘。直肠指检感疼痛。皮肤、黏膜、舌、关节和眼部的检查极为重要。
