过敏因素(15%)：
过敏性病变，受个体差异影响。主要是肠道性过敏，也时有累及皮肤。有些人对鱼类、虾、蟹、牛乳等高蛋白食物产生过敏，这些都是异体蛋白进入人体时所产生大量组织胺物质，引发过敏性反应。过敏性反应，是受致敏物质刺激，自身免疫引起反应，释放出自卫物质而激发大量免疫细胞凝聚、均结集在消化道粘膜表面，从而引起粘膜表面水肿充血及渗液等炎症发生。过敏性反应是随着人类生活、饮食习惯的改变，个体的差异，是消化过敏的主要因素。
感染因素(20%)：
感染，在结肠炎病因中是主要病因之一。虽然在粪便中未能检致病菌 、病毒或真菌。每当发病时，使用抗生素则有不同程度控病情和治疗效果，这说明抗生素具有抑制大肠杆菌及其它致病菌，可减低临床症状，一般认为都与感染有关。人类是杂食性的，当吃了不洁或变质的食物，往往会发生肠道病变，是占结肠炎病因多数。
自身免疫(10%)：
随着社会发展，医学的进步，免疫学的快速成长，有很多不明病因的都以探明。目前，免疫疾的发病率高，治疗困难，已引起重视。因此，慢性结肠炎在常规治疗是下难以治愈的。
体液免疫血液(14%)：
体液免疫血液中，一般都可发现抗结肠炎抗体(IGM)存在，其抗原是结肠上皮细胞内的脂多糖，从而使细胞毒细胞杀死结肠的上皮细胞，形成了局部或整片创伤，容易引起继发性感染，发生炎症。所以，在患者粪便中，常可发现大量上皮细胞脱落，也说明这个原因。
细胞免疫(10%)：
在人体免疫系统中，细胞免疫为人体主要免疫，其中有"中性粒细胞和淋巴细胞"。慢性结肠炎的发生，往往可引起大量淋巴细胞结集于肠素周边的淋巴结内，对抗发生肠系感染及肠道粘膜损伤的病毒(有报道为肠病毒感染)。而中性粒细胞则针对细菌性感染起到免疫作用，在长时间炎症作用下，可引起免疫细胞增强功击力，互相杀灭，将正常细胞破坏，导致炎症加重，是长期炎症不愈原因之一。
