引起头痛的病因众多，大致可分为原发性和继发性两类。前者不能归因于某一确切病因，也可称为特发性头痛，常见的如偏头痛、紧张型头痛;后者病因可涉及各种颅内病变如脑血管疾病、颅内感染、颅脑外伤，全身性疾病如发热、内环境紊乱以及滥用精神活性药物等。具体如下：
一、颅脑病变(35%)：
(1)感染脑膜炎：脑膜脑炎，脑炎，脑脓肿等。
(2)血管病变：蛛网膜下隙出血，脑出血，脑血栓形成，脑栓塞，高血压脑病，脑供血不足，脑血管畸形，血栓闭塞性脉管炎等。
(3)占位性病变：肿瘤，颅内转移癌，颅内白血病浸润，颅内猪囊尾蚴病(囊虫病)或棘球蚴病(包虫病)等。
(4)颅脑外伤：如脑震荡，脑挫伤，硬膜下血肿，颅内血肿，脑外伤后遗症。
(5)其他：如偏头痛，丛集性头痛(组胺性头痛)，头痛型癫痫。
二、颅外病变(20%)：
(1)颅骨疾病：如颅底凹入症，颅骨肿瘤。
(2)颈椎病及其他颈部疾病。
(3)神经痛：如三叉神经，舌咽神经及枕神经痛。
(4)眼，耳，鼻和牙疾病所致的头痛。
三、全身性疾病和神经官能症(15%)：
(1)急性感染：如流行性感冒，伤寒，肺炎等发热性疾病。
(2)心血管疾病：如高血压病，心力衰竭。
(3)中毒：如铅，酒精，一氧化碳，有机磷，药物(如颠茄，水杨酸类)等中毒。
(4)其他：尿毒症，低血糖，贫血，肺性脑病，系统性红斑狼疮，月经期及绝经期头痛，中暑等。 神经衰弱及癔症性头痛。
