男子性功能障碍的治疗应非常个体化，企图用一个模式治愈所有病例是不现实的，甚至会产生副作用，使病人失去信心。因他们的病因各自不同。此外应当强调性生活是夫妻双方共同的生理过程，有性功能障碍者经常需要夫妻双方接受治疗。
(一)器质性病因治疗男子性功能障碍由于器质性病因者，无论是生殖器官的局部解剖异常或内分泌性、血管性、神经性病变，均应明确，并根据可能给予针对性治疗。
因药物引起的性功能障碍应从病史中明确并停用该药物。
器质性性功能障碍病人往往并存精神因素，对他们的精神心理治疗同样不可忽视。
(二)精神心理治疗
1. 性教育和性咨询性教育指通过个别谈话、书籍、电影或其他教育手段给病人以正确的性知识，包括性解剖和性生理知识，消除有关性行为和性感受的偏见。性咨询则偏重于指导和鼓励，给病人处理特殊问题的具体建议，鼓励自我或与配偶共同完善性过程。许多病人通过性教育和性咨询了解了自己的症结所在，消除了无根据的忧虑，性功能障碍会逐渐消除或甚至霍然而愈。
2.性感集中训练多数阳痿患者有性交恐惧特点，这是一种性焦虑。停止一阶段性交和避免性接触可能对他们消除性焦虑有益。妻子的态度应非常宽容和合作，任何奚落或冷淡，只能加剧病情。在这个基础上进行性感集中训练可能产生良好的治疗效果。性感集中训练旨在减少忧虑，避免不必要的精神负担，加强性感受。通过夫妻爱抚和自如地抚摸将注意力集中在肉体感上而不进行性交。无性交企图，没有精神负担，反而出现阴茎勃起。经反复刺激获得足够勃起功能时，双方再将性感集中原理扩大到生殖器接触，然后采取女上位姿势，由女方将阴茎插入阴道。这样男方注意力分散的因素得以消除，有可能完成性交过程。
对精神性不射精或早泄病例，性感集中原理同样适用。当生殖器接触阶段，鼓励女方有意地按需要方式刺激阴茎，首先让妻子用手刺激引起射精，一旦成功即推荐用女方上位姿势进行性交，或当有射精紧迫感时再将阴茎插入阴道，往往一次成功即可获得或恢复阴道内射精功能。对早泄病例可教女方在性感集中进入生殖器接触阶段应用"捏挤法"，即女方将拇指放在阴茎系带部位，食指与中指放在背侧冠状沟上下，用指腹稳捏压迫阴茎数秒钟，然后突然放松，几分钟1次，藉此缓解射精紧迫感，改善射精抑制，延缓快速射精倾向。
(三)药物治疗对功能性兴奋型性功能障碍如早泄、遗精等可用溴剂或鲁米那等镇静剂。在阴茎头涂搽油膏或冷霜剂型的局部麻醉药，或25%硫酸镁5～10ml每日或隔日肌注，对某些早泄病例有一定效果。氯丙咪嗪25mg1天3次治疗早泄也有一定疗效。
对不射精病例，麻黄素50mg睡前服用有治疗效果。电按摩刺激对某些病例有一定效果。
对紧张度差的病例可试用士的宁、卵磷脂等治疗，或选用助阳、固涩和补气中药治疗。
除非内分泌缺乏病例，滥用男性激素无益，但对某些病例短期使用男性激素，藉以加强精神心理疗法作用可能有一定效果。因非脑垂体功能紊乱所致的低血清睾丸酮出现的阳痿，应用庚酸睾酮200mg每2～3周1次效果好。对高催乳素性阳痿选用溴隐停2.5mg1日3次治疗。
β肾上腺素能受体兴奋剂苯氧丙酚胺(isoxsuprine)10～20mg1日3次或/和突触前α2受体阻滞剂育亨宾 (yohimbine)5.4～6mg1日3次，减少海绵体组织血液流出量，并增加性欲，对某些器质性阳痿病例有一定效果。有时对单药治疗无效应，两药并用可取得疗效。
罂粟碱60mg阴茎海绵体内注射可引起动脉扩张、静脉收缩和窦状隙开放，对激素性或神经性阳痿有良好效应，5分钟内可致阴茎勃起，持续超过60分钟之久。对轻型精神性阳痿也有好结果，经过几次治疗可明显树立自信心因而治愈。但对血管性阳痿效果差。加用酚妥拉明可进一步增加动脉血流而对静脉影响不大，可减少罂粟碱剂量，因此减少痛性勃起和海绵体纤维化的严重并发症。一般剂量为罂粟碱30mg和酚妥拉明1mg一侧或分侧阴茎海绵体内注射，每月1次。
(四)助阳器 应用助阳器，借助负压作用使阴茎充血勃起，可应用于某些阳痿病例。
(五)手术治疗 主要有血管重建手术和阴茎假体植入两大类。
1.血管重建术应用于血管性阳痿，包括大血管重建术(旁路手术、动脉内膜切开术和经皮腔内血管再通术)和阴茎海绵体血管重建术。将腹壁下动脉或股动脉，或直接吻合于阴茎海绵体或吻合于阴茎背动脉或阴部内动脉。迄今血管重建手术疗效尚不满意，尤其是远期疗效更不理想。
2.阴茎假体植入因糖尿病，阴茎严重创伤，骨盆骨折，血管或神经性疾病以及各种手术后导致的阳痿皆可考虑阴茎假体植入。目前国外应用的假体主要有两大类型，即半硬性海绵状硅胶假体和水流动力装置的膨胀性硅胶假体。主要并发症有感染、疼痛和局部肿胀。两类假体各有其优缺点。
前者手术简单易行，但术后感染、假体脱出或需手术摘除相对较多，且假体植入后阴茎呈持续半勃起状态，以致产生精神烦恼和体质上的不适。后者手术复杂，但不易引起组织糜烂及穿孔，只在性生活时才勃起，病人及其配偶乐于接受。主要并发症常由机械失灵所致。
