马铃薯含有一些有毒的生物碱，主要是茄碱和毛壳霉碱，但一般经过170℃的高温烹调，有毒物质就会分解。
马铃薯含龙葵素(solanine)，致毒成分为茄碱(C45H73O15N)，又称马铃薯毒素，只是其含量极低(0.005%— 0.01%)，不足以造成中毒。但是马铃薯发芽后，其幼芽和芽眼部分的龙葵碱含量可高达 0.3% - 0.5% 。正常人体一次性食入龙葵碱 0.2— 0.4克即可引起急性发芽马铃薯中毒。
发芽马铃薯中毒在食后2— 4小时发病。表现为：先有咽喉部位刺痒或灼热感，上腹部烧灼感或疼痛，继而出现恶心、呕吐、腹泻等胃肠炎症状;中毒较深者可因剧烈吐、泻而有脱水、电解质紊乱和血压下降;此外，还常伴有头晕、头痛、轻度意识障碍等，重症者还出现昏迷和抽搐，最后因心脏衰竭、呼吸中枢麻痹导致死亡。
对于发芽少许的马铃薯，应深挖掉发芽部分及芽眼周围，然后浸泡半小时以上，弃去浸泡水，再加水煮透才可食用。因龙葵碱遇醋易分解，故在烹调时可适当加些食醋，以加速龙葵碱的破坏，变为无毒。
孕妇经常食用生物碱含量较高的薯类，蓄积在体内就可能导致胎儿畸形。当然，人的个体差异相当大，并非每个人食用了薯类都会发生异常，但是孕妇还是以不吃或少吃薯类为好，特别是不吃长期贮存、发芽的薯类，这一点对处于妊娠早期的妇女来说尤其重要。
马铃薯植物的茎和叶是有毒的，甚至马铃薯本身也是有毒的。如果你仔细观察过马铃薯，那你可能会发现有些马铃薯呈微绿色，这是配糖生物碱的毒性所致。过去有过因为土豆毒性发作致死的案例，虽然很罕见，但多数是因为饮用马铃薯叶或者吃发绿的马铃薯。致死的事件也不是突发的，当事人在食用后往往是起初虚弱无力，而后陷入昏迷。不用担心偶尔吃到的绿色马铃薯片，但一定要把长了绿芽或表皮变绿了的马铃薯扔掉，不要再去烧煮食用，特别要小心别给儿童吃。
野生的马铃薯毒性较高，茄碱中毒会导致头痛、腹泻、抽搐，昏迷，甚至会导致死亡。但一般栽培的马铃薯毒性很低，很少有马铃薯中毒事件发生。栽培马铃薯一般含生物碱低于0.2毫克/克，一般超过200毫克才会导致中毒现象，相当于一次吃掉1.4公斤生马铃薯。马铃薯储存时如果暴露在光线下，会变绿，同时有毒物质会增加;发芽马铃薯芽眼部分变紫也会使有毒物质积累，容易发生中毒事件，食用时要特别注意。
