小儿腮腺炎本身并非重症，但并发症较多，有些病情较重。
1.神经系统并发症
据报道约有10%～20%病例可有临床表现，临床表现为脑炎(约5%)、脑膜脑炎(约27%)、脑脊髓炎。小脑病变为主者出现共济失调;以豆状核病变为主者，出现扭转性痉挛;尚可见颅神经损伤，脑积水等。总的预后良好，但也偶见死亡病例及留有后遗症者。脑膜脑炎的出现，可在腮腺肿胀前、肿胀同时以及肿胀后。统计表明肿胀前6～10日的发生率1.6%，1～5日为11%，肿胀同时为2.5%，肿胀后1～5日20.3%，6～10日为11%，11～26日1.6%。具体而言，脑膜脑炎可于腮肿前后两周出现。临床的主要表现为发热、头疼、呕吐、嗜睡、颈强直，少数病例可有昏迷、惊厥。由于一般不做脑脊液检查，确切的发病率及脑脊液的变化难以得知，一般认为，脑脊液细胞数略增高，多为数十至数百，偶见超过1000×106/L者，分类以淋巴细胞占多数，糖及氯化物正常，蛋白轻度增高。脑脊液恢复正常时间较长，一般需要3～6周。
2.生殖器官并发症
流行性腮腺炎病毒也可侵犯生殖腺，表现为睾丸炎或卵巢炎，前者较后者多见，可能与临床易于发现有关。此并发症多见于青少年或成人，儿童期少见。多发生于腮腺肿胀后3～13日，单侧较多，仅2%～3%见于双侧。临床表现有高热、头疼、恶心、呕吐、局部疼痛。阴囊肿胀、皮肤发红。病程大概10日左右。卵巢炎的发生率较睾丸炎少，临床症状也轻，仅有腰部酸痛，下腹部有压痛、月经失调等。可致约30%～50%睾丸或卵巢发生不同程度萎缩，双侧萎缩者可导致不育症。
3.急性胰腺炎
可见于年长儿，大多数发生于腮腺肿胀后3～5日至1周。主要表现为体温骤然上升，伴有反复频繁的呕吐、上腹剧烈的疼痛、腹泻、腹胀或便秘。上腹部压痛明显，局部肌紧张，B超有时显示胰腺肿大。血、尿淀粉酶增高，但90%单纯腮腺炎病例淀粉酶也可轻或中度增高。血清脂肪酶测定，有助于胰腺炎的诊断。近年有测定淀粉酶同工酶，可区分腮腺(P型)及唾液腺(S型)淀粉酶。
4.感音性耳聋
听力减退甚至耳聋也是腮腺炎的并发症及后遗症，国内外均有这方面的报道。这种改变不仅见于并发脑炎的患者，也可见于单纯性小儿腮腺炎的患儿。据观察，耳聋多为一侧发生，年长儿发生率高，大多于发病后10日以内出现，若并发脑炎，耳聋的发生率则更高约23.8%。由于听神经水肿所致耳聋，经降低水肿、改善局部微循环，大约6个月内可恢复，而由听神经变性引起耳聋，往往成为终身的损害。
5.其他并发症
腮腺炎并发肾炎约1.14%，可在腮腺肿胀同时或患腮腺炎1周以内发生。除腮腺炎的表现外尚可有腰痛、尿频、尿少、血尿、眼睑及下肢浮肿、高血压等表现。尿常规检查可见不同程度的蛋白尿和血尿。肾功能大多数正常，或暂时降低。随腮腺炎的好转，肾炎的炎症也减轻，一般3周内恢复。有时可从尿中检查出病毒，提示由病毒直接损害肾脏的可能性。约2%～4%腮腺炎的患儿并发心肌炎、心包炎，临床症状轻，心电图可见各种类型的心律紊乱及ST-T改变。多数在数日内恢复正常，少数重症者可出现心功能不全，也有报道引起8次阿-斯综合征者。并发肝炎约1.25%。还有少数并发关节炎，常累及大关节，多在3个月内症状消失。此外，血小板减少约2.6%。还有乳腺炎、泪腺炎、胸骨前软组织水肿、面神经麻痹、消化道出血及流行性出血热等。
