1、脑膜炎或脑膜脑炎：发病率5～25%，局部地区可达35%。一般认为系该病毒直接侵入中枢神经系统所引起。腮腺肿前6天或肿后2周内出现，一般多在1周内发生。临床表现为急性高热伴剧烈头痛、呕吐、嗜睡或意识障碍，脑膜刺激征阳性等，脑脊液检查均呈病毒性脑炎或脑膜炎的改变。一般预后良好，个别重者可致死亡。
2、耳聋：表现为呕吐、旋晕、耳鸣等症状，主要是由内淋巴迷路炎及听神经炎所致。虽然发病率很低(约1/15，000)，但可成为永久性和完全性耳聋，所幸多发生于单侧(75%)，故仍能保留一定的听力。
3、心肌炎：约4～5%患者发生心肌炎，多见于病程5～10天。表现为面色苍白，心率增快或缓慢，心音低钝，心律不齐，暂时性心脏扩大。收缩期杂音。心电图可见窦性停搏，房室传导阻滞、ST段压低、T波低平或倒置等。严重者可致死。但多数仅有心电图改变而无明显临床病状。偶有心包炎。
4、肾炎：早期尿中可分离出腮腺炎病毒，故认为腮腺炎病毒可直接损害肾脏，轻者尿中有少量蛋白，重症与急性肾小球肾炎的表现相同，个别严重者可发生急性肾功能衰竭而死亡。但大多数预后良好。
