肾结石的成因和胆结石不同。
(1)肾结石病因可分为原发性、其他疾病及与饮食习惯有关。那肾结石的危害有吗?它对人体是有危害的。由于肾结石最常见的成份为草酸钙，一般人的观念总以为摄取过量的钙会加速肾结石产生。然而有充份的证据指出，对许多肾结石患者而言，低钙饮食和高结石率有关联，反之亦然。
其他的肾结石成份如磷酸铵镁、尿酸、磷酸钙以及胱胺酸(一种氨基酸)等，也可以是以上各种成份的混合物。磷酸铵镁结石的成因是有一些细菌在尿液中繁殖，并分解尿素作为养份，结果产生铵，并使尿液呈碱性。能分解尿素的细菌中，最常见的是变形杆菌，其他尚有克列勃菌、沙雷氏菌、Providencia等属的细菌。尿液中的铵会使小便发出氨水一般的臭味，而结石体积较大呈鹿角形。
(2)胆道系统主要是为了行使运送、贮存、浓缩以及排泄胆汁的作用，因此倘若胆道系统本身解剖生理构造或者胆汁成分有所变异，则会在胆道系统任何部位形成固体结晶的胆结石，甚至造成胆道阻塞，更进一步刺激胆道系统衍生癌症病变。胆结石的形成与不良的习惯关系密切，常见的原因有：喜静少动、身体肥胖、饮食过量、不吃早餐等，多孕多产的妇女更容易患胆结石。
