病情的缓解和复发是MS最重要的临床特点。部分患者在首次发作后会有一完全的临床缓解期。
少数患者表现为一系列的复发恶化，每一次复发都有完全缓解。这种复发恶化程度可很严重以至于引起四肢瘫痪和假性延髓性麻痹。首发症状出现和第一次复发的间期差别很大，据McAlpine报道30%为1年，20%在2年内，另有20%在5～9年内，还有10%在10～30年内复发。在如此长的潜伏期内，病理过程仍保留潜在活性。
随时间延长，患者逐渐进入一个慢性、稳定或波动性神经功能衰退期。已明确影响病程的因素不多。与一般的观念相反，妊娠对 MS无恶性影响。实际上，妊娠可带来意想不到的临床稳定，甚至改善。这可能与MS是一种自身免疫性疾病有关。已确诊的患者妊娠后平均复发率随妊娠时间的延长而降低。然而，在产后的头几个月内恶化的危险性增加，较非妊娠期高两倍。
本病的病程差别很大。少数患者在发病后数月或数年内死亡。但平均病程超过30年。
