(1)肛乳头瘤切除结扎术：侧卧位，肛镜下用弯钳夹住乳头瘤根部，沿血管钳基部，剪开少许乳头根部皮肤，乳头瘤较小可以行单纯结扎术，乳头瘤较大基底较宽可用4号或7号丝线贯穿乳头瘤根部，做“8”字结扎，剪去血管钳上的乳头瘤。术后每日热水坐浴。
(2)冷冻疗法：在肛内镜下，显露肛门乳头瘤，将冷冻探头对准瘤体表面，将其冷冻成一结晶球。术后每日局部常规用药预防感染。瘤体因冷冻后组织变性，液化坏死脱落，最后组织修复，达到治愈目的。在治疗中应控制冷冻的范围，过大则损伤正常肛管组织，术后产生水肿和疼痛，过小则瘤体脱落不全，极易再生。
(3)电灼法：肛门部常规麻醉，在肛门镜下暴露出肛乳头瘤，用高频电灼探头按压在瘤体根部，开通电源，将乳头瘤彻底烧灼之。此法适合瘤体较小的患者，优点是操作方便，疗效可靠，一次可治疗几个乳头瘤。术后每日用痔疮膏或痔疮栓纳入肛门内，七天可愈。
