1.按瘘管位置高低
此种分类方法，临床较为常用。
(1)低位肛瘘 瘘管位于外括约肌深部以下。可分为低位单纯性肛瘘(只有1个瘘管)和低位复杂性肛瘘(有多个瘘口和瘘管)。
(2)高位肛瘘 瘘管位于外括约肌深部以上。可分为高位单纯性肛瘘(只有1个瘘管)和高位复杂性肛瘘(有多个瘘口和瘘管)。
2.按瘘管与括约肌的关系
(1)肛管括约肌间型 约占肛瘘的70%，多因肛管周围脓肿引起。瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。
(2)经肛管括约肌型 约占25%，多因坐骨肛管间隙脓肿引起，可为低位或高位肛瘘。瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，开口于肛周皮肤上。
(3)肛管括约肌上型 为高位肛瘘，较为少见，约占4%，瘘管在括约肌间向上延伸，越过耻骨直肠肌，向下经坐骨直肠间隙穿透肛周皮肤。
(4)肛管括约肌外型 最少见，仅占1%。多为骨盆直肠间隙脓肿合并坐骨肛管间隙脓肿的后果。瘘管自会阴部皮肤向上经坐骨直肠间隙和肛提肌，然后穿入盆腔或直肠。这类肛瘘常因外伤、肠道恶性肿瘤、Crohn病引起，治疗较为困难。
