一、国内分类：
参考中华中医药学会肛肠分会、中华医学会外科学分会结直肠肛门外科学组、中国中西医结合学会大肠肛门病专业委员会制定的《肛瘘临床诊治指南（2006版）》（俗称“珠海标准”）。
1、低位肛瘘
低位单纯性肛瘘：内口在肛隐窝，仅有一个瘘道通过外括约肌皮下部或浅部，与皮肤相通。
低位复杂性肛瘘：有两个以上内口或外口，肛瘘瘘道在外括约肌皮下部和浅部。
2、高位肛瘘
高位单纯性肛瘘：内口在肛隐窝，仅有一个瘘道，走行在外括约肌深层以上。
高位复杂性肛瘘：有两个以上外口，通过瘘管与内口相连或并有支管空腔，其主管通过外括约肌深层以上。
二、Parks分类：
肛瘘的分类取决于瘘管与肛门括约肌的关系，分为：括约肌间型、经括约肌型、括约肌上方型、括约肌外型。当瘘管穿越外括约肌的30～50％以上（高位括约肌间、括约肌上方、括约肌外方），女性前侧瘘管，多个瘘管，复发性瘘管，或伴有肛门失禁，或治疗后可能引起肛门失禁的肛瘘均认为复杂性肛瘘。
