选用要对症
腹泻大致可分为感染性和非感染性腹泻两类，而感染性腹泻又有细菌感染和病毒感染之分，黄连素只适用于细菌感染的腹泻。而对肠易激综合征、溃疡性结肠炎等原因导致的腹泻，黄连素更是没有作用。例如，秋天由于天气转凉引起的腹泻，如果症状较轻，在不影响生活、工作的情况下，是不需要服用黄连素的。
剂量要充足
服用黄连素要足量，成人每日600～1000毫克，分3～4次服用即可，不要先服一片，看看没有效果，再加一片，这样反而不易及时产生疗效。另外，在外出时，有人会习惯性地吃几粒黄连素预防腹泻，这会使机体产生耐药性，还会抑制肠道正常菌群的活性。
不可和茶水同服
茶水中含有多种成分，如茶多酚、嘌呤生物碱、多种维生素、鞣质等，其中鞣质会在人体内分解成鞣酸。黄连素口服后，几乎不被胃肠道吸收，而是停留在肠道内，以持续对抗致病的细菌。但是，茶水中的鞣酸会沉淀黄连素中的生物碱，使其药效大大降低。因此，不仅不能用茶水送服黄连素，而且在吃药前后两小时内也不能喝茶。
不可长期服
虽然黄连素的不良反应较少，但也偶有恶心、呕吐、皮疹和药热等表现。长期大剂量服用黄连素会导致B族维生素吸收障碍，从而引发周围神经炎。所以，如果要长期服用黄连素，一定要谨遵医嘱。
