黄连素的通用名叫盐酸小檗碱，是从黄连、黄柏等小檗科植物中提炼出来的一种抗菌性生物碱，黄连素能对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病，系治疗腹泻的有效药物，常作为居家旅行的常备药物，但人们却没有认识到黄连素是一种抗菌素，对腹泻不加区分的胡乱服用，有害于健康，在抗菌素滥用的今天，重新认识黄连素、准确应用并严格管理使用是十分有必要的。
现代医学研究发现：在人的肠道内就共生着600余种，100万亿的庞大菌群系统，这些共生的细菌左右着我们的健康和生命。离开它们，人类就不能健康地生存，因为它们能合成供给我们人体自己所不能合成的各种必需维生素，能合成供给我们人体肠黏膜再生和修复所必需的短链脂肪酸如丁酸，特别重要的是这些肠道微生物还是构成我们肠淋巴免疫系统的重要成员，而肠淋巴免疫占我们人体免疫功能系统的70％，长期滥用黄连素将对上述系统造成不可估计的损失。
而腹泻的原因众多，总体可分感染性和非感染性腹泻，感染性腹泻多呈急性腹泻；非感染性腹泻，多呈慢性腹泻。黄连素只适用于感染性腹泻。胃肠感染表现可轻可重，轻者仅腹痛、腹泻，重者会有恶心、呕吐、发热寒战、食欲不振，严重时导致脱水、酸中毒、休克。一般而言，对轻型炎症可以选用黄连素，但也根据炎症的控制情况，适量适时的运用，对于重型则必须合用抗感染作用强的抗菌素。
目前所认识的疾病如肠易激综合征、溃疡性结肠炎、营养不良、内分泌疾病、过敏性疾病等，都可以导致慢性腹泻，对这种非感染性的腹泻，黄连素是毫无作用的，不仅无用而且有害，我们肠道健康的保卫者――肠道菌群将遭到破坏，日久可导致肠道菌群失调，特别是肠道产丁酸菌匮乏后，将造成肠黏膜再生修复障碍、黏膜渗透性增加，肠道的选择性吸收功能将会降低或丧失，从而使大量的病原菌或有害物质得以乘机进入，进一步引发炎症和免疫功能紊乱，轻者引发腹泻、肠易激综合征，长期久治不愈将引发肠癌及肠病并发症等。
黄连素是化学合成药物，不是中成药，对于中医辨证为脾胃虚寒型的腹泻，黄连苦寒，反而易伤脾胃，损害胃肠功能，更易出现胃痛、恶心等消化系统症状，加重病情。
因此，对于不明原因的腹泻不能随意服用黄连素，最好能根据医院粪便、血液检查情况选用，一般性腹泻1-2次无其他伴随症状如饮食不节、水土不服等因素引起，其实不必服用黄连素，保持清淡饮食，人体即可自行恢复，但反复发作就要查明原因了。
