本病的临床表现多样化。感染了本病毒后，表现可以从无症状感染、流感样全身性疾患、脑膜脑炎以至于严重的脑膜脑炎。但各型之间没有截然的分界线。不同的临床表现是否与不同的病毒株有关，目前尚未能肯定。
流感样全身症状是最常见的临床表现。潜伏期一般为8～12天。起病急，发热可高达39.5℃，伴有背痛、头痛、全身肌肉酸痛。有些患者出现咽痛、咳嗽与其他上呼吸道感染的症状。少数还可有皮疹、淋巴结肿大与压痛、恶心、呕吐与腹泻等表现。病程一般在2周左右。部分患者，经过一段间歇后，可有第二次，甚至偶尔有第三次类似的发作，但症状常较轻，持续时间较短。多数患者逐渐恢复，有些则发展到脑膜炎。
脑膜炎患者起病时可先有流感样全身性症状，也可以一开始就以头痛、颈硬、呕吐、腰背肌肉痛等脑膜刺激征为主要特征，但病情不如化脓性脑膜炎严重。脑脊液检查符合淋巴细胞性脑膜炎的特征。病程一般持续1～2周。脑脊液的改变较症状恢复稍迟。
偶尔病变波及脑脊髓实质，出现脑膜脑炎的表现。病者可有个性改变、谵妄、嗜睡，甚至昏迷，亦可有脑神经与外周神经的感觉丧失与运动障碍、腱反射的改变等。个别严重者可致死。
只具有流感样全身症状的患者，由于临床上缺乏脑膜炎表现，没有指征做腰椎穿刺，诊断只能依靠流行病学资料的提示，以及病毒血清学诊断证据。此类患者脑脊液检查可出现异常。
有脑膜炎表现的患者，脑脊液检查有一定帮助。脑脊液中的细胞数增加(即使在病程早期，仍以淋巴细胞占绝大多数)，糖含量稍低，对诊断本病有一定提示。但是，脑脊液改变也是非特异性的，难以与其他原因的淋巴细胞性脑膜炎鉴别。
患者确诊需要有病毒分离或血清抗体检测的证据。急性发热期可从患者血液或脑脊液中分离到淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒。急性期与恢复期双份血清检测病毒抗体，有助于鉴定急性感染。免疫荧光技术在病程早期便可检出抗体，是一种快速而灵敏的诊断方法。在仅有单份血清标本的情况下，高效价的补体结合抗体可能是近期感染的指征。由于中和抗体可在血清中持续存在多年，仅有中和抗体阳性，不足以确定本病的诊断。
