1、溃疡、出血：病变增大、增多后，可引起局部的异物和不适感。由于发病的部位多在包皮内、尿道、阴唇、阴道内、肛周等，这些部位容易受微生物感染，导致病变部位的溃疡、化脓、出血、疼痛和肿胀。
2、传染给婴幼儿：患生殖道湿疣的孕妇，在分娩时，通过产道的婴儿可能被传染，引发婴幼儿咬吸道疣。
3、导致不育：生殖器附近的尖锐湿疣易引发其它泌尿系统疾病，很可能会成为导致男性不育症的诱因，这是口腔尖锐湿疣不可不防的一项危害。
4、引起并发症：口腔尖锐湿疣还可以引发播散性疱疹、疱疹性脑膜炎(疱疹性脑膜炎：疱疹性脑膜炎其临床表现与其它病毒引起的脑膜炎极为相似，常与原发性生殖器HSV感染有关，多在生殖器发生疱疹损害1周后发生)、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症的危害。
5、心理负担：从心理上来说，口腔尖锐湿疣作为性传播疾病，若不尽快治疗，患者很可能因害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往等心理原因导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至会发生抑郁症，这也是口腔尖锐湿疣的一项大危害。
6、非生殖器部位的乳头状瘤：通过直接接触或被污染的物品的间接接触，可以导致眼结膜的乳头状瘤和口腔粘膜的乳头状瘤。
7、癌变：恶性肿瘤是口腔尖锐湿疣最严重的并发症。HPV16、18型感染后，如果治疗不及时，在将来很可能导致阴茎癌，宫颈癌等恶性肿瘤，早期彻底治疗是预防口腔尖锐湿疣癌变的最有效方法。
8、其他危害：它容易引起身体其它疾病。倘若没有接受有效的治疗，病情没有得到及时控制，随着口腔尖锐湿疣病症的不断加重，以及身体免疫力不断下降，习惯性感冒、体乏困怠、老年痴呆、恶性贫血、淋病、皮肤病等各种疾病，它们都会不约而同的找上门来，成为常客，最严重时可引起肾衰竭殒命。
