附睾囊肿往往是在常规体检时偶然发现的，也可能是患者在洗澡或自我检查阴囊内容物时发现的。如果附睾囊肿的体积相当大，配偶可能是第一个发现它的人，这多见于双方从事性活动时。附睾囊肿也可以是多个并存在于阴囊的两侧，也可能涉及一侧附睾。它们通常是毫无症状的，但如果它们的体积特别大，就会引起睾丸疼痛、迫使病人寻求医治。作为一个无痛的阴囊肿物，在鉴别诊断时必须考虑到鞘膜积液、精索静脉曲张、附睾结核、附睾肿瘤、睾丸肿瘤等其他肿块存在的可能性。
治疗并不困难。如果体积不大，是自己或体检时偶然发现的，平时毫无症状，则无需治疗，只要向患者进行详细地解说和教育，解除思想顾虑即可。如果附睾囊肿造成并发症或成为病人焦虑的根源时，就应予以手术切除。过去采取的单纯抽液并注入硬化剂使囊肿缩小的措施并不可靠，常可复发或造成感染，给将来的手术带来困难，故现在多主张手术切除。由于手术很小，病人不会有很大痛苦。一个很小的阴囊切口足以移动、分离和切除囊肿，手术效果往往很好。手术时医生将仔细把囊肿与睾丸和附睾分离开，然后完整地把它切除。手术时医生会尽量仔细小心，以免压迫和破坏睾丸的血液供应或破坏附睾与输精管的连贯性。如果囊肿是开放的或术前抽吸过，液体将呈现稀薄、白色或混浊状，在显微镜下检查进可见不活动的精子。附睾囊肿手术切除带来的并发症很轻微，也很少见，包括阴囊血肿，不育症(如果切除了附睾)，如果睾丸的血液供应受到影响，可以出现睾丸萎缩。不再需要生育的中老年患者，可以接受小剂量x射线局部照射，既能促进囊肿萎缩，也无明显副作用。
