强直性脊柱炎的病因和发病机制尚不清楚，多数学者认为其发生与遗传、感染、免疫功能紊乱、内分泌失调等因素有关。
1.遗传因素。目前，该病被认为是一种与人类白细胞抗原B27基因高度相关的遗传性疾病。HLA-B27是第一个提出与强直性脊柱炎发病有关的基因，研究证实HLA-B27直接参与强直性脊柱炎的发病，是强直性脊柱炎的主要相关成分。除HLA-B27外，还有大量HLA-B27以外的基因被提出与AS的发展有关。
2、免疫因素：自身免疫功能低下与AS有关，AS患者的骨、关节和滑膜组织中有大量的炎症T细胞和单核-巨噬细胞浸润，并有免疫反应。
3、感染性因素。已提出可能与强直性脊柱炎发病有关的主要是肺炎克雷伯氏菌、沙门氏菌和其他肠道寄生G型细菌以及引起上呼吸道感染和肠道感染的衣原体。
据报道，外伤、甲状旁腺疾病、内分泌和代谢缺陷都与AS的发展有关。而环境因素如风、湿度和寒冷也是该病的致病因素。对特殊人群的调查发现，固定的工作姿势和刻板的局部训练可以引发AS。
