一、生理上的原因。女性的子宫内膜在正常情况下是在子宫腔内生长的，随着女性每个月生理期的到来，子宫内膜剥落，又开始增厚、生长。在这种情况下，女性的子宫就会变得越来越小。"在这种情况下，女性的子宫就会变得越来越小。
第二，内分泌因素：这个因素是导致卵巢囊肿的常见原因。卵巢虽小，但却是产生卵子和排卵的重要器官，内分泌激素，平衡内分泌，多发生在内分泌旺盛的育龄期。因此，人们认为它与内分泌失调有关。另外，来月经的时候生气，一生气就没了月经，造成垃圾排出，卵巢内形成囊肿。
第三，分娩、多次人工流产等：巧克力囊肿主要是由于月经期间子宫内膜碎片因排泄不畅而从子宫壁脱落，不能全部从阴道排出，有少量通过输卵管倒流到盆腔。凡是能影响经血从阴道流出的，包括阴道闭锁、宫颈口狭窄、子宫后倾、多次人工流产后宫颈口粘连、经期性交等，都能促进巧克力囊肿的发生。
四、频繁的性生活：频繁的性生活也是导致卵巢巧克力囊肿的重要原因，一般发病多在青春期少女或更年期妇女，这与她们频繁的性生活有很大关系。
五、输卵管堵塞：每个月卵巢里的卵泡没有受精就变成废品垃圾也要排泄出来，必须靠身体液压把这些垃圾挤出来，由于你的功能降低，加上输卵管有堵塞现象，垃圾排不出来，卵子堆积在卵巢里，形成巧克力囊肿。
六、压力过大：这是导致卵巢巧克力囊肿的主要原因，长期的精神压力，会造成植物神经紊乱，影响人体的内分泌调节，使卵巢功能过早衰退，雌激素的分泌减少，从而使更年期提前到来。
