近年的认识随着对肿瘤的生物学的特征的了解，肾输尿管肿瘤手术不能千篇一律。低期低级的肾输尿管癌行部分肾输尿管切除和根治手术疗效相同。高期高级癌则应行根治性手术，否则难以治愈，特别是细胞学阳性者。有主张高期高级的局限的癌病变时仍可行部分切除的手术，最后发现90%死于癌，而根治手术者死于癌仅30%。输尿管切除必须包括膀胱壁段，否则60%可发生膀胱癌。根治手术是否应行淋巴结清扫术?一般持否定态度，因为有淋巴结转移者很少自下而上超过一年的。
孤立肾或双肾同时有肿瘤者如属低期低级，尿细胞学阴性者应争取尽可能保留肾组织，高期高级者则透析下根治手术。有时对细胞学阴性低级的肿瘤行径肾盂镜检切除肿瘤。输尿管肿瘤行部分切除保留肾脏者约占20%。
肾盂癌无浸润者5年生存率40%～59%，有浸注分化不良者10%～25%。已如前述肾盂输尿管肿瘤容易出现器官肿瘤，必须紧密随访，也有主张每6个月行尿细胞学检查一次，膀胱镜检查随访2年。
在治疗肾输尿管肿瘤时必须注意与输尿管息肉相鉴别，输尿管息肉是间叶组织上覆的一层薄的良性尿路上皮，蒂很长，且可以有分支表现光滑，细胞学阳性。组织内混有血管和纤维组织，血管多的被称为“血管瘤”。严重血尿，纤维多者称“纤维瘤”。息肉多发于年轻人。
