有细菌感染时，血液白细胞数升高。如果咽痛剧烈，影响吞咽，还会造成体内营养、代谢失调。如果治疗不及时，或反复发作，可转为慢性;若感染向上蔓延，波及耳、鼻，可导致急性鼻炎、鼻窦炎，急性中耳炎;向下发展，可侵犯喉、气管等下呼吸道，引起急性喉炎、气管炎、支气管炎及肺炎;若致病菌及毒素侵入血液循环，则可引起全身并发症，如急性肾炎、脓毒血症、风湿病等，对身体危害极大。患了慢性咽炎的人经常感到咽部不适，稍一受凉、劳累，或讲话多、较长时间没喝水，便觉咽痛、灼热加重，咽痒引起阵阵刺激性咳嗽，影响休息。
若是干燥或萎缩性咽炎，则咽干明显，讲话和咽唾液也感费劲，需频频饮水湿润，甚至夜间也需要起床喝几次水，但也只能暂时缓解症状，很快就又感咽干;有的人吃饭时需用汤水才能将干硬的食物咽下去。有些病人表现为咽部异物感，常作吭喀和吞咽动作，希望能将异物排除，而这些无效的清嗓动作只能加重原有的不适。于是病人怀疑自己咽部、喉咙或食管里长了肿瘤，造成很重的精神负担和压抑感。还有的人由于咽部粘膜增厚，影响呼吸的通畅因而睡眠打鼾。炎性分泌物及细菌停留，可发生口臭，不仅影响别人，患者自己也十分苦恼。
慢性咽炎导致咽部抵抗力下降，遇气候冷、热、干、湿变化时，粘膜的加温、加湿调节作用减弱，纤毛活动和分解吞噬功能不足，细菌和病毒容易在局部停留繁殖，成为慢性感染病灶。
因此，这些病人很容易感冒，引起咽炎急性发作。咽部的感染炎症波及其它系统，可以并发慢性喉炎、慢性气管及支气管炎、肾炎、心脏病等;长期炎性分泌物被咽入胃中，可引起消化不良、食管炎、胃炎、肠炎;毒素吸收可造成头晕、头痛、疲乏、精力减退、消瘦、低热等全身反应。
