1.急性中耳炎
婴幼儿及儿童分泌性中耳炎应与急性中耳炎相鉴别。急性中耳炎治疗不彻底或迁延不愈可转换为分泌性中耳炎。多病程较短，患者可有剧烈耳痛、耳流脓等症状，分泌性中耳炎多病程较长，多以耳闷为主要症状，耳痛呈间断性，较轻，甚至无耳痛表现。
2.鼻咽癌或鼻咽部占位性病变
典型的鼻咽癌早期症状可为涕中带血、颈部包块。但有些患者耳部症状先于上述症状，癌肿在鼻咽部的黏膜下潜行，鼻内镜检查在早期不易发现。对于单耳分泌性中耳炎，特殊地区患者，应高度警惕。
3.慢性化脓性中耳炎合并中耳胆脂瘤
松弛部穿孔被痂皮覆盖，耳鼓膜紧张部显示鼓室积液，此类患者应仔细检查松弛部，必要时行颞骨的高分辨率CT，以除外中耳胆脂瘤。
4.粘连性中耳炎
主诉为听力减退和闷胀感，检查鼓膜与鼓岬粘连以资鉴别。
5.鼓室硬化
属慢性中耳炎的后遗病变。主诉听力下降和耳闷胀感。一般病史较长，有中耳炎病史。鼓膜可以完整，鼓室内大量硬化症包裹听骨链，影响声能传导。颞骨CT或手术探查可以明确诊断。
6.胆固醇肉芽肿
患者主诉听力减退和耳闷胀感。但耳科检查可见鼓膜呈蓝色，颞骨CT提示鼓窦入口狭窄，可有骨质破坏。手术探查及病例检查可以明确诊断。
7.先天性或后天性中耳胆脂瘤
对于鼓膜完整的中耳胆脂瘤，主诉听力下降，检查鼓膜完整，透光度差，听力图显示为传导性听力损失，容易混淆。但鼓室积液征不明显，鼓膜透光度差，可透过鼓膜见到白色的实性团块样物位于鼓膜内侧的鼓室内。
8.自发性或外伤性脑脊液耳漏
可主诉患侧反复发生脑膜炎，检查显示鼓室内液体积聚。年轻患者，根据病史、查体及影像学检查可以确诊。外伤性者则有明确的外伤史。
9.外淋巴漏
两窗破裂和先天性裂隙，造成外淋巴液漏至中耳鼓室腔。可表现为鼓室积液，但患者有眩晕病史，遇强声刺激可诱发眩晕。听力图提示感音神经性耳聋。
10.Wergerner肉芽肿
虽然属于少见病，但疾病初期容易误诊为分泌性中耳炎。双耳发病，病程迁延和顽固，伴有全身发热、肺部及肾脏病变，ANCA等抗体阳性，对糖皮质激素治疗有效，应高度警惕该病。
11.其他
当咽鼓管功能不良或耳硬化症，听力曲线为传导性聋，另外，内耳的病变如梅尼埃病、上半规管裂综合征等，可表现为耳闷胀感，尤其是听力曲线上显示有骨气导间距时则容易混淆。但鼓膜检查无积液征，声导抗图显示为A型图或C型图，而非B型图;内耳病变以感音神经性聋为其主要特征，以资鉴别。
