(一)管理传染源 疫区内应灭鼠，管理好猪、犬、羊、牛等家畜，加强动物宿主的检疫工作。发现病人及时隔离，并对排泄物如尿、痰等进行消毒。
(二)切断传染途径 应对流行区的水稻田、池溏、沟溪、积水坑及准备开荒的地区进行调查，因地制宜地结合水利建设对疫源地进行改造;加强疫水管理、粪便管理、修建厕所和改良猪圈、不让畜粪、畜尿进行附近池溏、稻田和积水中;对污染的水源、积水可用漂白粉及其他有效药物进行喷洒消毒;管理好饮食，防止带菌鼠的排泄物污染食品。
(三)保护易感人群
1.个人防护 在流行区和流行季节。禁止青壮年及儿童在疫水中游泳、涉水或捕鱼。与疫水接触的工人、农民尽量穿长统靴和戴胶皮手套，并防止皮肤破损、减少感染机会。
2.采用多价菌苗 在常年流行地区采用多价菌苗，包含当地流行株菌苗有3价(含黄疸出血型、秋季型、蔡罗尼型)、5价(黄疸出血型、犬型、流感伤寒型、波摩那型、秋季型或澳洲型)两大类。均可制成普通菌苗(每毫升含菌约2亿)和浓缩菌苗(每毫升含菌约6亿)两种。被注射者可产生对同型钩体的免疫力，维持1年左右。接种对象为易感人群及疫水接触者。预防接种宜在本病流行前1个月，成人每1次皮下注射1ml，第2次ml;2～6岁第1次和第2次分别为0.25和0.5ml;7～14岁按成人量减半。各年龄组2次注射的间隔时间均为7～10天。接种后1个月左右才能产生免疫力。因此预防接种应在农忙前完成(每年～5月份进行)。对于支逐人员，须全程注射菌苗后1～5天才能进入疫区工作。接种后免疫力可保持一年左右。因而要求菌苗接种必须全程，注射一针免疫效果不显，注射二针才能降低发病率或减轻症状。新的疫区需连续普种3～4年，方能使疫情稳定。
对实验室、流行病学工作人员以及新进疫区的劳动者，疑及感染本病者但尚无明显症状时，可每日肌注青霉素G80～120万u，连续2～3天做为预防用药。
