目前明确GISTs的诊断，判断其良恶性比较困难。本病分化状态不明显，具有未定向分化的特点，以往多被诊断为平滑肌肿瘤或神经源性肿瘤。因此，依靠传统的组织病理学检查方法很难确诊，必须依靠免疫组化检查帮助诊断。
内镜检查显示肿瘤呈球形或半球形隆起，基底宽广、表面光滑、色泽正常，内镜活检不易钳取病变组织，反复原位深活检可提高阳性检出率。超声内镜检查是目前诊断粘膜下肿瘤的最佳方法。在消化管壁的5层结构中，GISTs多位于第4层，即固有肌层，表现为边界清楚的低回声团块，恶性程度较高时内部回声不均匀，边界凹凸不甲井向周围提润。在内镜超声引导下进行细针穿刺活检阳性率比传统活检方法高。cT检查常表现为局限性胃肠管壁增厚，呈圆形或卵圆形的软组织密度肿块，边界一般较清楚，增强后有轻度强化，但不如血管瘤和纤维瘤明显。
组织病理学及免疫组化检查是确诊的有效手段：肿瘤组织主要是由梭形细胞和上皮样细胞组成，梭形细胞可呈束状、旋涡状活栅状排列，上皮样细胞可呈巢团状、腺泡状排列，棱呈卵圆形、梭形，也可见多核细胞，核仁较明显。一般组织学检查只能区分正常组织与肿瘤组织，确诊则依靠免疫组织化学检查，结果显示CD3.4、CDll7、渡形蛋白(vi-mentin)阳性具有诊断意义。CD34是一种造血前体抗原，CDIl7是酪氨酸受体激酶，是c—kit原癌基因的表达产物。真正的平滑肌瘤CD34、CDll7均为阴性。s-1130蛋白、结蛋白(desmin)、平滑肌肌动蛋白(SMA)等则是肿瘤细胞向神经或肌肉组织分化的标志物。
目前在GISTs的良恶性判断方面，肯定的恶性指标为：①经组织证实存在远处转移;②肿瘤浸润邻近器官;◎出现脂母细胞、软骨细胞或恶性纤维组织细胞瘤样区域。潜在的恶性指标为：①直径太小：胃间质瘤>5.5cm，肠间质瘤>4cm;②棱分裂数：胃间质瘤>5/50HPF，肠间质瘤只要出现核分裂就有潜在恶性;③细胞密度大.生长活跃;④上皮样间质瘤中出现腺泡样结构或细胞球;⑤核异型性大;⑥肿瘤坏死明显;⑦非整倍体DNA禽量高;⑧镜下可见瘤细胞浸润粘膜固有层或血管。根据以上指标，可将GISTs分为3类：①良性间质瘤(无恶性指标);②潜在恶性间质瘤(仅具备l项潜在恶性指标);③恶性间质瘤(具有l项肯定恶性指标或2项潜在恶性指标)。治疗前明确诊断并尽可能准确地判断GISTs良恶性，可以确定是否能够手术以及手术的类型、范围，提高手术的精确性，改善病人的预后。
