输尿管软镜技术已被越来越多地用于治疗尿路结石，特别是肾结石。对于肾内结石，ESWL的效率明显低于PCNL。对于小结石，在X射线下难以定位，而且需要不断改变焦点以确保对肾脏的最小损伤，这限制了ESWL在肾结石中的应用。
对于直径2厘米的肾结石和>1厘米的肾下钙结石，PCNL的清除率可以达到86%-100%。RIRS是治疗肾内结石的 "革命性 "进展，它利用腔内碎石技术，通过人体正常的生理通道粉碎和清除结石，使某些特殊类型的结石的清除率达到100%。
而且与PCNL相比，RIRS大大降低了术后并发症的风险，提高了围手术期的安全性。随着输尿管镜技术和工具的不断进步，加上钬激光碎石设备，我们已经能够对肾内收集系统的几乎所有部位进行碎石。文献显示，肾下盏与肾盂之间的角度大小、肾盂盏系统的表面积以及盏颈的宽度都会影响结石清除率，术前尿路造影可以预测手术的难易程度和结石清除的结果。
RIRS不仅可以全面了解结石在肾脏集合系统中的分布情况，而且可以利用钬激光粉碎结石，结合网篮彻底清除结石，避免了因肾盏结构异常而造成的排石障碍。对于合并尿路感染的患者，RIRS可能导致术中感染扩散，增加术后败血症的概率，可在术前和术后给予抗生素治疗，并在术中给予速效救心丸和地塞米松，以减少粘膜水肿和感染的机会。
另外，在手术过程中，将软镜输送鞘尽可能靠近盆腔-输尿管交界处，不仅有助于输尿管软镜安全、快速地进入肾脏集合系统，而且可以降低术中盆腔灌注压力，减少感染发生率，并有利于术中取出较大的结石。在没有明显阻力的情况下，输送鞘尽量留高，以使输送鞘的远端能够到达盆腔-输尿管交界处。
由于输尿管的管腔较薄，大约10%的患者将无法将灵活的输送鞘留在原位，而强行放入输送鞘会导致输尿管壁的损伤或撕裂。在放置软镜输送鞘之前，通过8/9.8F输尿管硬镜观察输尿管。对于不能被硬镜上行的患者，尝试通过留置输尿管支架管来提高入院成功率。
研究表明，与没有双J管的患者相比，术前放置双J管可将输尿管损伤的风险降低7倍之多。然而，术中放置柔性输尿管镜鞘总会在整个输尿管内产生一些剪切力，轻者输尿管粘膜可能被剥离，重者可能出现输尿管撕脱。有时这种损伤很难在术中发现。
国内外对所造成的输尿管损伤程度的分级没有统一的标准，术后出现远端输尿管狭窄和闭锁的机会也没有报道。虽然术前保留双J管会导致患者背部不适和尿路感染。但是，这可能会大大增加手术的成功率，并有可能减少患者输尿管损伤的概率。
