艾滋病患者往往明显消瘦，严重营养不良，贫血，白细胞、血小板或全血细胞减少。
长期的腹泻导致水电解质紊乱和神经系统损伤，造成精神衰退、反应迟钝、抑郁、忧虑、妄想狂或痴呆。
对心血管系统的损害导致心动过速、心脏扩大和充血性心力衰竭。
对肾功能的损伤可引起间质性肾炎和肾小管坏死、蛋白尿、少尿、高度水肿、氮质血症和肾衰竭。
肌肉骨骼系统的损伤可引起游走性关节炎、关节疼痛和关节腔积液，类似于类风湿性关节炎，抗风湿治疗效果不佳，或表现为多发性肌炎，有明显的肌肉萎缩和活动障碍，肌肉活检时有坏死性肌炎。
对内分泌系统的损伤可能包括肾上腺功能不全和低肾素血症、低血压、持续的低钠血症和高钾血症、甲状腺功能低下、糖尿病和肾上腺危机。
