典型的节律性、周期性上腹痛是诊断溃疡病的重要依据，但要注意，10%以上的溃疡病患者可以没有症状。此外，慢性胃炎患者的上腹疼痛症状与溃疡病相似，但没有溃疡。疼痛的发作可以持续几天到几周或几个月。在症状容易复发的地方，十二指肠溃疡常常无痛复发或伴有合并症。缓解周期通常是几个月或几年，几乎经常比疼痛发作的时间长。然而在一些病人中，疼痛更为剧烈，症状频繁而持续地发作或发生并发症。溃疡疼痛性质的改变可能是一种合并症发展的标志。例如，溃疡疼痛变得持久，不再被食物或抗酸剂缓解，或向背部放射，并可能显示出穿透性（通常向后进入胰腺）。
许多活动性十二指肠溃疡并没有溃疡症状。用内窥镜检查上消化道显示，近一半的复发性十二指肠溃疡是没有症状的。内镜检查也显示溃疡活动、症状缓解和溃疡愈合之间缺乏良好的相关性。没有溃疡疼痛并不能排除十二指肠溃疡。十二指肠溃疡是急性或慢性胃肠道出血、胃出口梗阻或溃疡穿孔的一个潜在原因。
钡餐X线检查中看到的十二指肠龛可以作为十二指肠溃疡的诊断依据。内镜检查是最重要的诊断方法，胃窦粘膜组织的活检可用于HP检查。胃酸测定对胃泌素瘤的诊断有意义，但对十二指肠溃疡的诊断作用不大。
