艾滋病毒潜伏期的长短因个人体质不同而不同。而这种差异可能与许多因素有关，如入侵的HIV病毒类型、感染途径和艾滋病患者的精神状态。人在感染HIV后需要0.5到20年，平均7到10年才会发展成艾滋病，这段时间被称为潜伏期。在潜伏期内，艾滋病毒包含在艾滋病毒感染者的血液、精液、阴道分泌物、母乳和器官中，具有传染性。
艾滋病的临床症状是多种多样的，通常开始时有感冒、流感、全身乏力、食欲不振、发烧、体重下降等症状。随着病情的加重，症状增多，如皮肤和粘膜的白色念珠菌感染、单纯疱疹、带状疱疹、紫斑、血肿、血尿、积血点、皮肤易损伤、受伤后出血等；后来，病情逐渐侵入内脏器官。侵入内脏后，出现持续不断的不明原因的发热，可持续3-4个月；也可出现咳嗽、气短、持续腹泻、便血、肝脾肿大、并发恶性肿瘤、呼吸困难等。由于症状的复杂性，不是每个病人都会出现上述所有的症状。一般来说，一个或两个或更多的症状是常见的。如果是肺部，往往是呼吸困难、胸痛和咳嗽；如果是胃肠道，可引起持续性腹泻、腹痛和虚弱；如果是血管道，可引起血管血栓性心内膜炎和血小板减少性脑出血。
许多感染HIV的人在潜伏期没有任何症状，但有些人在感染早期可能会出现发烧、头晕、虚弱、喉咙痛、关节痛、皮疹、浅表淋巴结肿大，有些人还会出现腹泻。这些症状通常在1-2周后消失，此后病人进入无症状的潜伏期。在潜伏期血液中含有HIV的病人被称为HIV感染者，或HIV阳性，或HIV阳性。艾滋病病毒感染者具有高度传染性，是传播艾滋病的最重要传染源。
在漫长的潜伏期内，感染者没有任何症状，看起来和正常人一样，但免疫系统继续受到HIV的损害，直到免疫系统不再能够发挥最低限度的防御作用。一些恶性肿瘤也是由病人的抗病能力引起的。有些恶性肿瘤也是在病人的抵抗力极低时产生的。艾滋病患者的症状因发生条件性感染的内脏器官和发生肿瘤的部位而不同。
