患者最常见的并发症是中度或重度卵巢过度刺激综合征（OHSS），主要由于生育药物引起卵巢的过度刺激而发病。住院治疗是第二个常见的并发症。
每10000例自体卵细胞（女性使用自己的卵细胞而非捐赠者的供卵）导致OHSS发病率最高可达153.5（95％置信区间[CI],146.0-161.3），住院治疗发生率最高可达34.8（95％ CI，30.9-39.3）。
而其他并发症的发病率非常低，整个治疗周期内不到10/10000，这些并发症都包括在接受药物刺激的12周内所引起的感染、大出血、药物不良反应、麻醉并发症以及死亡等。
近年来取卵术已由原先的腹腔镜检查转变为非外科的低创性经阴道取出，早前已有研究指出这种取卵术的转变已经提高了整体的怀孕概率。
然而，这项新研究的重点并不在于妊娠率高低，而在于这对不孕患者来说是一项治疗后的福利。作者表示，“据我们所知，这项研究第一次量化了美国ART技术相关的患者风险”。
该研究同时探讨了卵细胞捐赠辅助生殖技术的不良反应事件，结果发现其风险甚至低于自体卵细胞。卵细胞捐赠辅助生殖技术发生并发症的P值小于0.05。其中OHSS（峰值为31人/10000例）及住院治疗（10.5人/10000人）同样是最常见的并发症。
在ART技术中OHSS是最常见的并发症，因此作者建议将来希望能见到更多的研究来探讨OHSS的预测因子。
