无论是开放手术还是微创手术都有一定的并发症，各种并发症的发生与患者的一般情况、是否合并其他疾病、脊柱疾病本身的复杂程度以及医生的水平等因素均有很大的关系。如果患者是高龄，合并有心脏病、高血压、糖尿病、脑血管病等各种疾病，那么并发症就相对较高；如果病人脊柱疾病十分复杂，那么并发症也会相对较高。一般来说，只要严格把握适应证，在有经验的脊柱外科医生操作下，脊柱微创手术的并发症不会比常规手术更高，而且由于脊柱微创切口相对较小，对组织损伤小，其所引起的术后残留性腰痛及切口感染等相关并发症反而会更少。
常规开放手术和微创手术方法治疗脊柱疾病术后患者均有出现疾病复发的可能性，以腰椎间盘突出症为例，手术后复发的主要原因是：椎间盘摘除不够干净，脱出或游离的椎间盘未摘除而遗留在椎管中，患者术后卧床时间不够，过早下地活动，侧隐窝和神经根管处减压不够彻底等。文献报道的常规开放手术椎间盘突出症复发率一般在3~5％左右，而经验丰富的脊柱外科医生在进行内镜下微创椎间盘摘除术时其术后复发率与常规开放手术相当，有时甚至低于开放手术。所以脊柱微创手术复发率并不会比常规开放手术的复发率高，关键在于医生的经验和手术指证的把握。
