只有明确的诊断以后，才会选择一个适合患者身体状况的治疗方案，治疗前一定要到正规的医院作甲状腺功能的检查，做出一个明确的诊断。甲状腺结节的治疗方法要根据患者的病情决定。对于甲状腺结节属于良性肿块的，可以观察随访、药物治疗和手术的切除。对于恶性肿瘤，需要首选手术切除，对于少见的恶性甲状腺结节肿块很容易导致其他的并发症，治疗时需要相关的放射性治疗。
甲状腺结节药物治疗
主要为甲状腺激素抑制治疗，短期治疗无效，至少应在半年以上。绝经前妇女及男性可用较大剂量抑制治疗一年以上。一般在患者做了甲状腺结节手术后，多因甲状腺激素分泌不足又促甲状腺激素分泌增加刺激甲状腺增生，所以在手术后医生会让患者坚持服用优甲乐抑制TSH分泌防止结节性甲状腺肿的增生。但是一定要听取医生的建议，不要过量服用，并且吃了一点时间后，要及时的去医院复查，如果情况正常可以按照医生的建议减量。
对绝经后妇女应注意甲状腺激素对骨代谢的不利影响。应先短期随访，若结节无变化或缩小，仅予随访不必采用甲状腺激素抑制治疗；经随访后结节增大者再行抑制治疗，一般初始剂量宜偏小，将TSH抑制在低于正常但又可测得的范围。治疗一年后停药观察，停药后结节增大者重新甲状腺激素治疗将TSH抑制在正常低限，可长期服用。结节无变化或缩小者仅定期随访，在抑制治疗中结节增大者直接手术或重新穿刺评估。
硬化治疗
对诊断确定的良性结节，尤其如自主功能性甲状腺结节或腺瘤，甲状旁腺腺瘤等可采用本方法治疗，在超声引导下向结节中央注入无水乙醇1-4ml，可重复注射，直至结节消失。
放射治疗
自主性功能性/高功能性甲状腺结节或腺瘤因有浓聚碘的功能，可采用此治疗。
手术切除
自主性高功能性甲状腺腺瘤也可手术切除，术前也应适当准备，以防发生甲亢危象。其他良性结节若病人顾虑较大或不能定期随访也可择期手术治疗。
甲状腺囊性病变多为良性病变，故可保守治疗，一般先单纯穿刺抽吸治疗，每月1-2次。经反复抽吸无效者可使用盐酸四环素或无水乙醇硬化治疗。穿刺出囊液应行常规病理检查，若囊液中有癌细胞或可疑癌细胞，或对遗留结节的穿刺提示为恶性者均应手术治疗。如果不治疗，局部细胞久而久之易形成恶变，危及自身生命，且甲状腺瘤的恶变率都较高。
手术缺陷
1、手术切除不彻底，残留的甲状腺组织和微小结节会在术后迅速增生，而术后甲状腺素制剂的抑制治疗对残留的病变组织影响有限，所以术后复发率较高。
2、甲状腺结节手术时为了避免损伤喉返神经，往往对它进行解剖，这样可能会引起喉返神经的水肿或影响它的血供，以至于患者可能会在术后出现说话比较吃力的现象。
3、甲状腺结节手术中必须切断某些血管，造成甲状旁腺血供受影响所致，从而出现手脚发麻的现象。
4、甲状腺结节手术要大范围地分离切口上下的皮瓣，易造成切口周围组织的水肿。特别是那些中老年妇女，因为皮肤比较松弛而且脂肪组织较多，故切口很容易水肿，手术后切口会肿胀发硬。
5、甲状腺手术后吞咽会有牵拉感甚至咳嗽，这与甲状腺结节术后正常的疤痕收缩反应有关。因为，虽然甲状腺结节术后颈部仅有一条线样的疤痕，但实际的手术创面要比这一疤痕大得多，这一创面与颈部的切口一样需要经过正常的疤痕反应才能复原。疤痕反应过程会收缩，牵拉创面附近的气管，造成吞咽时的牵拉感，甚至会刺激气管引发咳嗽。
