细菌是牙周炎最主要的发病因素，因此治疗牙周炎的关键在于控制细菌。
通常来说，牙周炎治疗分四阶段：
1、基础治疗阶段，目的在于选用牙周病常规的治疗方法，清除或控制临床炎症和咬致病因素，包括教会患者如何保持口腔卫生，拔除预后差和不利修复的牙，龈上洁治，龈下刮治以清除菌斑、牙石，选用抗菌药控制炎症，咬颌调整等。通过彻底的局部治疗，使牙周组织破坏的进程停止，促使病变转入静止期。
2、牙周手术治疗和松动牙固定。
3、永久性修复治疗，一般手术后2-3个月后进行。
4、复查复治阶段，每半年一次，包括检查菌斑控制情况，卫生宣教，拍片检查，以进一步拟订治疗计划。
牙周炎治疗成功与否关键有两点：
1、周密的治疗计划和医生细致、精湛的治疗。
2、病人坚持良好的自我菌斑控制。后者较前者更为重要，否则医生的工作将是事倍功半，疾病也将再度发生。
一般情况下，如果患者能够坚持良好的自我菌斑控制，多数患者对治疗有明显的疗效。但也有少数患者（约10％）经任何治疗都效果不佳，病情继续迅速加重，直至牙齿丧失，这部分患者即是“难治性牙周炎”。
需要特别提出的是糖尿病患者的牙周炎治疗。牙周炎的发病率在糖尿病患者中属于较高水平。因为糖尿病患者抵抗力低下，容易感染，而且血糖较高，容易形成牙菌斑，导致牙周炎的发生。而牙周炎又会进一步加大糖尿病患者的感染几率。因此，糖尿病与牙周炎可以说是相互促进的恶性循环。糖尿病患者更应该注意牙周病的治疗。首先控制血糖水平，其次要系统治疗牙周炎，平时更应该注意口腔保健，定期复查。
