肝细胞肝癌的已知危险因素是：乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒（HBV、HCV）感染、酗酒、吸烟和使用黄曲霉素。可能的风险因素有：食物、肥胖、糖尿病、胰岛素抵抗、使用口服避孕药和铁剂过量。
1.黄曲霉毒素
黄曲霉毒素是由黄曲霉菌和寄生曲霉菌产生的一种霉菌毒素，可在各种实验动物中引起肝癌。这种污染主要源于不当的食物储存，在非洲、东南亚和中国广泛存在。
采用前瞻性研究方法，显示体液中的黄曲霉毒素生物标志物与继发性肝癌之间存在密切关系。
黄曲霉毒素B1（AFB1）会在P53的249号密码子的第三个碱基上引起G:C到T:A的转变。单独的HBV不能影响突变的频率，但在AFB1的存在下，它可以使突变的频率大大增加。因此，AFB1的致癌作用与HBV感染的过程有关。
2.饮酒
饮酒是肝癌高发的一个重要危险因素。其作用在发达国家尤为明显。
采用荟萃分析法表明，酒精摄入量与肝癌的相对风险系数（RR）之间存在正的剂量依赖关系，即酒精摄入量越高，RR值越高，而且酒精对肝脏的影响没有安全阈值。
酒精对肝癌的影响可能是通过肝硬化介导的。另外，HCV可以加速酒精对肝癌的作用。此外，酒精摄入、吸烟、肥胖和糖尿病之间存在协同效应。
3.吸烟
使用荟萃分析显示，相对于从不吸烟的人，以前和现在吸烟的人患肝癌的可能性更高，而吸烟导致肝癌的相对风险系数总体上是稳定的。
吸烟与HBV/HCV感染之间的协同关系并不十分清楚。
4.饮食因素
咖啡可能对降低肝癌发病率有一定的作用，但目前关于咖啡的一些研究存在一定的偏差，需要进一步确认咖啡单独以及与其他因素结合对肝癌的影响。
一些研究表明，蔬菜、水果、乳制品、白肉和鸡蛋可能对肝脏有保护作用，但总体而言，这方面的研究相对较少，所以证据并不确凿。
目前关于饮食因素的研究是回顾性的，但这种方法对于包括肝癌在内的慢性病患者来说是不合理的。
5.肥胖和糖尿病
肥胖和糖尿病都是HCC的危险因素。
肥胖可能通过引起脂肪肝或非酒精性脂肪肝（NASH）而导致HCC。糖尿病是继发于硬化引起HCC，还是其本身直接引起HCC的易感性，仍有很大争议。另外，糖尿病的持续时间和治疗对HCC风险因素的影响也同样需要研究。
6.口服避孕药
口服避孕药可明显增加肝腺瘤的危险因素。其有可能在HBV感染率相对较低的患者中轻微增加肝细胞癌的风险。
口服避孕药的使用时间、间隔时间、近期使用情况、HBV/HCV的影响以及其他一些因素的影响需要进一步研究。
7、铁剂过量
铁剂过量可能会提高HCC的风险。
铁过量的影响可能与硬化症无关，但可能与饮酒和HBV/HCV感染有关。
