先天缺陷風險
試管嬰兒存在先天缺陷的可能性是普通嬰兒的兩到四倍。試管嬰兒發生先天心臟缺陷的可能性是正常嬰兒的兩到三倍、天生唇裂的風險是普通嬰兒的兩倍，先天腸胃缺陷的風險是普通嬰兒的四倍。即使風險更高，但這些生理缺陷確實發生在試管嬰兒身上的案例依然很少見，且還不清楚風險攀升的致因。
研究發現，試管嬰兒的出生缺陷率約為9%，自然受孕嬰兒的出生缺陷率約為6.6%。這兩部分嬰兒的眼部缺陷比例分別為0.3%和0.2%，心臟異常比例為5 %和3%，生殖系統缺陷的比例分別為1.5%和1%。研究人員表示，上述發現只是初步結果，尚未經過同行評議，其研究結果並不意味著試管受精與新生兒出生缺陷之間存在必然的因果關係。[9]
胚胎篩選爭議
試管嬰兒技術的初衷並非是通過胚胎篩選“設計”嬰兒，達到有選擇地決定胎兒的性別，膚色，攜帶致病基因等目的。反對者認為，完全排除掉僅僅是有可能患上乳腺癌的胚胎，有違倫理道德標準。 也有反對者認為，試管嬰兒技術的發展，會讓基因篩選在不久的將來愈演愈烈，最終變成從相貌、智力等方面對人類胚胎實現進行篩選，變成名副其實的設計出生的嬰兒。該技術已經得到英國人類受精和胚胎管理局(Human Fertilisation and Embryology Authority，簡稱HFEA)頒發的牌照，可以為患者提供染色體檢測篩選服務。
多胚胎幾率增加
胚胎移植並不能保證種一個成一個，醫生為了保證成功率，往往想多種幾個。因此在試管技術中，雙胞胎，乃至多胞胎的現象十分普遍。中國衛生部專門為此出臺了操作規範，明確要求，有試管嬰兒需求的產婦，35歲以下的，第一次胚胎移植的，只允許移植2個。35歲以上或者不是第一次移植的，最多不能超過3個。但即便是3個，也被認為過多。[10]
催生商業化代孕
1996年之前，國家對於代孕問題並沒有特殊規定，1996年9月22日中國出現第一例代孕母親生產下試管嬰兒，此後不久代孕成為部分逐利者的商業契機，導致大量代孕灰色產業鏈產生，1997年，中國衛生部出臺規定，嚴格禁止代孕母親的試管生產。
