常用的多種抗生素與抗原蟲藥物氨基甙類、磺胺類、喹諾酮類及四環素、甲硝唑、病毒唑等，對感染性腹瀉有效，但因為對胎兒有致畸作用或潛在的危害，所以不能使用。例如常用的甲硝唑，對實驗動物有致畸作用，在妊娠期，特別是懷孕前3個月禁用。其他抗生素，如磺胺類、四環素類、喹諾酮類等對母親或/及胎兒均有不良影響，亦應禁用。
較緩和的抗腹瀉劑 如高嶺土、果膠可以使用，這些藥物可吸收水分減少腸蠕動;活性炭片也不妨一試。思密達是一種八面蒙脫石，具有較大的吸附面，不被機體吸收，它不但具有上述特性，還可吸附一些致病菌，因而安全有效。 一般說來，紅黴素、氨苄青黴素對母嬰都是安全的。不要用鴉片類藥物止瀉，因這類藥物可能造成細菌過度生長與重複感染，反而會加重腹瀉。
