1、發病年齡越來越小。近年來嬰幼兒菌痢有增多趨勢，這是因為嬰幼兒飲食趨於多樣化，有的嬰兒輔食增加過早，品種增加過多。例如剛剛滿月不久的嬰兒，家長就開始給孩子喂西瓜水、蘋果泥等，還有的家長過早地給孩子進食魚蝦、肉鬆等。這些食品在保存和餵飯過程中，很容易被病菌汙染，因而增加了感染機會。
2、發病季節已不侷限在夏秋季節。目前幾乎全年都可以見到菌痢，甚至冬天嬰兒菌痢也不少見，因為近幾年來水果、魚蝦等食品一年四季都可以吃到，在冬天吃西瓜而感染菌痢的嬰幼兒已屢見不鮮。
3、兒童菌痢容易與普通的腹瀉混淆。年齡越小，其臨床症狀就越不典型。開始多為水樣便，常常伴有嘔吐，以後才出現大便次數增多，但大便量減少，變黏，出現黏液便等，反覆發病的患兒還會出現脫肛的現象，如果不做大便化驗很容易漏診或誤診。因此，家長就診前最好留一點大便，在2個小時內拿到醫院檢查。
4、容易演變為慢性菌痢。一般菌痢病程如果超過兩個月即可診為慢性菌痢。慢性菌痢因為長期腹瀉，必然影響食物營養的消化與吸收，導致兒童生長髮育障礙。
5、容易出現水、電解質紊亂和中毒症狀。小兒腸壁較成人薄，但血管豐富，一旦腸道感染，更易導致脫水和毒素的吸收，發生高熱、驚厥、神志障礙，甚至是中毒性菌痢而危及生命。所以，對於兒童菌痢要早治，千萬不可掉以輕心。
6、孩子服藥困難，常常不能堅持足夠的療程。許多對成人療效不錯的藥物，如磺胺類(複方新諾明)、喹諾酮類(如氟哌酸)以及氨基糖甙類(慶大黴素、卡那黴素)藥物都不適合兒童使用。第三代頭孢(如菌必治)靜點效果不錯，但常常因為靜脈輸液帶來的恐懼而遭到患兒和家長的拒絕。
