厭食症病因多種多樣，歸納有以下幾種：
1.全身性疾病的影響
許多急、慢性感染性疾病都有厭食的表現，其中消化道疾病尤為明顯，如消化性潰瘍、急慢性肝炎、急慢性腸炎、長期便秘等都可引起厭食。其中胃腸動力不足(功能性消化不良)引起的厭食目前受到重視。
2.藥物影響
許多藥物尤其是抗生素容易引起噁心、嘔吐，如紅黴素、氯黴素、磺胺類藥物等也可導致厭食。幾乎所有抗生素長期應用都會引起腸道菌群紊亂，微生態失衡，造成腹脹、噁心與厭食。維生素A或維生素D中毒也表現有厭食。一些抗癌藥物更容易引起厭食。
3.微量元素缺乏及某些內分泌素不足
微量元素鋅缺乏常表現有厭食，某些內分泌素如甲狀腺功能低下、腎上腺皮質激素相對不足也可表現厭食。
4.食物過敏
有部分兒童對某些食物過敏，表現為進食後胃腸不適、煩躁胸悶、甚至有的兒童見到相似食物顏色、形狀、味道相近的非過敏性食物也會拒食。
5.餵養不當
這是當前最突出的原因，城市尤為明顯。原因是家庭經濟改善、市場兒童食品供應增多，獨生子女嬌生慣養，家長缺乏科學餵養知識，亂吃零食，過食冷飲，亂給“營養食品”，一些高蛋白、高糖食品(如巧克力等)，反使食慾下降。正常兒童每隔3～4小時胃內容物要排空、血糖要下降就會產生食慾。如果吃飯不定時，飯前吃零食或糖果，胃內總有東西、血糖不下降，就不會有食慾。
6.氣候影響
如夏天炎熱的氣候也是引起厭食的原因。
7.運動量不足
運動不足時，小兒機體消耗減少，代謝減弱，胃腸消化功能得不到強化，從而影響食慾和消化功能。
8.睡眠不足
小兒睡眠不足除影響生長髮育外，還影響機體免疫力和體力的恢復，從而影響食慾和消化功能。
9.神經性厭食
僅指由於精神因素引起的一類厭食。發病因素與臨床表現如下：
(1)急性精神刺激 如小兒受到強烈驚嚇之後，精神萎靡、活動受抑制，食慾降低。這種厭食，往往時間不會太長，恐嚇心理過去食慾也就會恢復。
(2)亞急性或慢性精神刺激 離開親人及熟悉的環境進入托兒所或其他新環境時，對新環境不適應，情緒低落，食慾降低，有時飯後出現嘔吐。家庭不幸或父母離異，影響兒童情緒導致厭食。
(3)錯誤教育的影響 家長對兒童要求過高，限制自由，阻止與其他兒童玩耍，或限制他想去的地方，影響其情緒，使食慾降低;家長過分注意兒童進食，反覆誘導或以威脅手段致反感而厭食。
(4)頑固性神經性厭食 個別女孩神經性厭食可十分嚴重，患兒極度消瘦，無力，與嚴重營養不良有類似之處。如體溫偏低，怕冷，心率減慢，血壓偏低，肢端發紺，年長女孩有閉經，貧血，並有維生素、蛋白質缺乏的特徵。
