益生菌是模擬母乳餵養嬰兒腸道正常菌群而應運而生的產品，包括雙歧桿菌和乳酸桿菌。從健康母乳餵養兒糞便中提出的益生菌種子經過工業孵化有可能會出現變異，所以每種工業化生產的益生菌又冠有一些稱呼，比如乳雙歧桿菌BB12，鼠李糖乳酸桿菌LGG等。益生菌製劑中應該含有活菌。
不是模擬母乳餵養嬰兒腸道正常菌群而生產的細菌或黴菌製劑，也會對腸道健康有一定幫助，但是作用相對侷限，比如有些針對抗生素使用後，只能稱為微生態製劑。微生態製劑與益生菌製劑有所不同，益生菌製劑不僅利於腸道吸收消化，而且會通過刺激腸道內免疫細胞，刺激全身免疫。
由於腸道黏膜上存有免疫細胞，這些細胞的激活物是腸道內的正常細菌，包括雙歧桿菌、乳酸桿菌等。所以，真正的益生菌在調整腸道功能的前提下，會通過刺激腸道免疫細胞，調節全身免疫。這也是為何新生兒第一口應是母乳餵養的原因。因母乳餵養是有菌過程，利於腸道正常菌群的建立。
腹瀉恢復期，大便不可能立即恢復正常，往往不太消化的大便會持續幾天。為此，益生菌能發揮很好的作用。益生菌通過調整腸道菌群，不僅可以保護腸道黏膜，還可排除腸道內的有害菌，再可助於營養物的消化和吸收。所以，建議腹瀉後繼續服用益生菌1～2周。
