⑴肝癌是常見的造成甲胎蛋白偏高的原因之一，一般正常人血清中甲胎蛋白的含量不到20μg/L，但當肝細胞發生癌變時，卻又恢復了產生這種蛋白質的功能，據調查發現約有80%的肝癌患者血清中甲胎蛋白會升高，通常以400μg/L為標準，高於此數值應該考慮肝癌的可能性，一般在肝癌出現症狀之前的8個月甲胎蛋白就已經升高，所以肝硬化、慢性肝炎病人、家族中有肝癌患者的人應該根據自己的情況做定期的檢查。因此，甲胎蛋白對肝癌的肝癌的早期診斷具有一定的意義。
提醒一點的是：不能僅僅憑藉甲胎蛋白偏高[4] 的指標來診斷或排除一種疾病是不可靠的，因為肝癌的發現不一定都需要甲胎蛋白偏高，有些肝癌可以是甲胎蛋白值正常的，故應同時結合其他血清學檢查和影像學檢查綜合分析，才可增加診斷可靠性。
⑵妊娠婦女和新生兒也會出現甲胎蛋白的一時性升高，因為甲胎蛋白是胎兒的正常血漿蛋白成分，是胚胎早期的主要蛋白質，妊娠期婦女甲胎蛋白是會明顯升高，一般在妊娠後3個月，甲胎蛋白就明顯升高，到7-8月孕婦母血中AFP量達到最高峰並相對穩定，但其仍舊低於 400μg/L，約在產後3周後逐漸恢復正常水平。
⑶甲胎蛋白偏高可能與非惡性疾病：如急、慢性肝炎，重症肝炎恢復期，肝硬化，先天性膽管閉塞，畸形胎兒等甲胎蛋白可出現升高，但是起升高的幅度比較小，且持續的時間比較短。
⑷甲胎蛋白偏高可能與生殖細胞腫瘤有關：據資料顯示大約50%患有生殖細胞腫瘤的病人其甲胎蛋白(AFP)呈陽性;一些其它腸胃管腫瘤如胰腺癌或肺癌及肝硬化等患者亦可出現不同程度的甲胎蛋白偏高;另外，若甲胎蛋白大於25μg/L的男性患者還要考慮睪丸癌的可能。
⑸病毒性肝炎：慢性肝炎活動期甲胎蛋白有輕度、中度升高，一般在50~300μg/L，與肝細胞癌不同點為升高幅度低，一般不持續增高，經治療後降低以至恢復正常。
⑹新生兒肝炎：30%新生兒肝炎可測出甲胎蛋白，發生率隨病情的嚴重度而增加，大多明顯增高。此可與先天性膽管閉鎖鑑別，後者甲胎蛋白大多正常。
⑺其他原因：肝損傷、充血性肝腫大、共濟失調、毛細血管擴張症、先天性酪氨酸病、孕婦(3~6個月)、睪丸或卵巢胚胎性腫瘤(如精原細胞瘤、惡性畸胎瘤、卵巢癌等)也常有甲胎蛋白增高。
