甲胎蛋白偏高的原因主要是因為懷孕後，胎兒體內會產生甲胎蛋白，這是人體在胚胎時期血液中含有的一種特殊蛋白，導致孕婦體內檢測出的甲胎蛋白偏高。一般正常的情況下，孕婦在懷孕期間檢查甲胎蛋白偏高，測定值一般不會超過400μg/L，在產後三個月左右就會恢復正常水平。但是如果正常人出現甲胎蛋白偏高，則可能是疾病導致，常見的是肝癌、肝炎、充血性肝腫大、毛細血管擴張症、先天性酪氨酸病等。
甲胎蛋白偏高是指甲胎蛋白測量出的濃度比正常值高，一般孕婦都會出現甲胎蛋白升高的情況，新生兒的甲胎蛋白也會顯示較高，這是由於甲胎蛋白是胎兒的正常血漿蛋白成分，也會進入母親的血液循環中，因此妊娠婦女在檢測時也會出現升高的情況，一般在產後3周後逐漸恢復正常水平。
但是如果正常人發現甲胎蛋白偏高，則可能是疾病導致的，尤其是肝病、腫瘤等。正常人甲胎蛋白偏高的原因是：
1、肝病：肝癌、肝損傷、肝炎、充血性肝腫大、先天性酪氨酸病等導致甲胎蛋白偏高。大約80%的肝癌患者血清中升高甲胎蛋白都會升高，因此正常的成人甲胎蛋白偏高可能是提示肝癌等疾病，甲胎蛋白會在肝癌出現症狀之前的8個月就已經升高，而此時，肝癌的症狀還是很不明顯的，腫瘤也比較小，因此如果及早發現甲胎蛋白偏高，對於肝癌患者來說是一個很重要的指標。新生兒肝炎和病毒性肝炎也會引起甲胎蛋白偏高，30%新生兒肝炎可測出甲胎蛋白，發生率隨病情的嚴重度而增加，大多明顯增高。
2、腫瘤：睪丸或卵巢胚胎性腫瘤(如精原細胞瘤、惡性畸胎瘤、卵巢癌等)也常常會引起甲胎蛋白偏高，也是需要注意的。甲胎蛋白偏高還可能與生殖細胞腫瘤有關，有大約50%患有生殖細胞腫瘤的病人其甲胎蛋白(AFP)呈陽性。
3、其他：如毛細血管擴張症。毛細血管擴張症為一種特殊類型的原發性免疫缺陷病，可有眼結膜毛細血管擴張、甲胎蛋白顯著升高等特異性表現。
