、遺傳因素：多數患兒可以發現在其直系親屬或旁系中，也有同樣畸形發生。據調查，唇裂的發病率為0.17%。父母一方是唇裂的，其子女的發病率可高達2.6%-5.6%，比前者高出15-32倍。父親患有唇顎裂，後代患病率為3%左右，如果是母親患病，則遺傳給子女的幾率高達14%。健康父母已生育一個有兔唇的孩子，那麼出現第二個有兔唇的幾率為4%。若已生過倆兔唇子女，再次懷孕生兔唇孩子的幾率就上升到9%。近親結婚者的子女發病率更高。
2、營養因素：婦女懷孕期間的嘔吐和偏食可影響營養攝入，造成維生素缺乏，在動物實驗中，用缺乏維生素A、E的食物餵養懷孕小白鼠時，出生的幼鼠常有唇顎裂發生。 3、病毒感染：在妊娠早期(2個月內)，如遇風疹病毒感染，可能成為嬰兒唇顎裂的原因。
4、藥物因素：有些藥物能通過胎盤屏障影響胚胎髮育，如安眠藥、抗過敏藥、苯妥英那、腎上腺皮質激素、環磷酸胺均可導致胎兒畸形。
5、內分泌影響：實驗證明，孕鼠在孕後9天、10天、11天各注射腎上腺皮質激素，其所生育的幼鼠中多患有唇顎裂。因此，在懷孕早期(8周內)，如孕婦因精神緊張及外傷等原因，可使體內的腎上腺皮質激素分泌增加，從而導致嬰兒先天畸形。
6、放射線：妊娠早期如果接觸放射線，則有可能導致胎兒唇裂顎裂。
