尿道炎首先應與淋病性尿道炎區別，淋病性尿道炎是一種特異性感染的性病，尿道有膿性分泌物，膿液塗片染色檢查可見在分葉核粒細胞內有革蘭氏陰性雙球菌。其次，應與非淋菌性尿道炎及滴蟲性尿道炎區別，女性容易在陰道內找到滴蟲，而在男性不易找到滴蟲，常需在包皮下、尿道口分泌物、前列腺液以及尿液中檢查有無滴蟲，作出診斷。Reiter症候群除尿道炎外，同時有結膜炎和關節炎。
NGU應與淋菌性尿道炎、生殖器皰疹、生殖器念珠菌病等鑑別。
臨床上，沙眼衣原體感染常與淋球菌感染有緊密聯繫。這兩種病原體均可引起男性尿道炎、附睪炎、直腸炎，女性宮頸炎、尿道炎、盆腔炎等，它們引起的疾病，其臨床症狀和體徵差別不大，因此單憑臨床觀察是不易區分的。而且沙眼衣原體和淋球菌可合併感染。準確的鑑別診斷有賴於實驗室檢查。在臨床實踐中，常對確定為淋球菌感染者，無論是否檢查沙眼衣原體感染，均常規給予抗淋球菌和沙眼衣原體兩種病原體的治療。
