治療方案：
成人和青少年沙眼衣原體尿道炎、宮頸炎、直腸炎：多西環素0.1g，口服，2次/d，共7～l0天，治癒率在94%～100%之間。鹽酸四環素0.5g，口服，4次/d，共7天，治癒率為88%～100%。米諾環素0.1g，口服，2次/d，共7天，治癒率92%～100%。多西環素與四環素相比，優點在於每天服藥次數減少，耐受性稍好些，半衰期長，即便漏服1次也有效，同等劑量下抗衣原體和解脲支原體的作用更強些。不過，在臨床上尚未觀察到兩者療效的差異。米諾環素的療效也好，主要不良反應是眩暈及頭痛感，在用藥48h後出現，停藥後消失。大環內酯類藥物的療效報道不一。紅黴素，每天1g，分4次口服，共7～15天，對沙眼衣原體感染的治癒率為76%～97%。阿奇黴素的療效和毒性作用與多西環素相似，優點是隻需單次應用，對淋球菌、解脲支原體及梅毒螺旋體也有效，所以對這類病菌的混合感染也可應用;缺點是價格非常昂貴。其他大環內酯類藥物也可用於臨床治療，如羅紅黴素、克拉黴素及交沙黴素等。這些藥物仍需要多次用藥(療程7～l0天)，與阿奇黴素相比患者的遵囑性更差些。其他較少使用的藥物包括利福平(600mg，4次/d，共6天，治癒率98%)，氧氟沙星(300mg，2次/d，共7天，治癒率93%)，環丙沙星(750mg，2次/d，共7天，治癒率55%～86%)等。這些藥物均經驗有限，有的療效並不理想，一般不推薦使用。
新生兒和兒童沙眼衣原體感染：新生兒衣原體結膜炎和衣原體肺炎推薦使用紅黴素治療，療程10～14天。紅黴素對新生兒感染的療效約80%，可能需要2個療程。
孕婦沙眼衣原體感染：妊娠期藥物選擇的餘地少，忌用四環素類及氧氟沙星。紅黴素2g/d的療法治癒率84%～94%，但半數以上的患者出現嚴重胃腸道不良反應，而不能完成治療;1g/d的療法較能耐受，但療效差。在一些國家，阿奇黴素已作為妊娠期沙眼衣原體感染的推薦用藥。妊娠期也可使用阿莫西林，其療效與紅黴素相似，但胃腸道不良反應小，易於耐受。由於妊娠期所用藥物的療效相對差，故應在療程結束的2周後使用細胞培養或抗原檢測法作判愈試驗，或3周後使用核酸擴增試驗做判愈試驗。
