一、塗片染色檢查
排除淋球菌，念珠菌和其他細菌感染;尿道分泌物塗片高倍油鏡下白細胞〉4個/5個平均視野;宮頸分泌物塗片高倍油鏡下白細胞〉10個/5個平均視野。
二、尿白細胞酯酶試驗
不足60歲的男性，無腎臟疾病或膀胱感染，無前列腺炎或尿路機械性損傷，尿白細胞酯酶陽性者也可診斷為NGU。
三、沙眼衣原體(CT)檢查
1、細胞學檢查：取分泌物塗片，固定後作Giemsa染色或碘染色檢查。
2、組織細胞培養檢查：為確診CT感染的標準方法，組織細胞培養法檢測CT的特異性為100%，敏感性為80%～90%。
3、血清學檢查：包括補體結合試驗，微量免疫熒光試驗和對流免疫電泳試驗。
4、免疫學檢查：主要用於CT的進一步鑑定。
①直接免疫熒光試驗(DFA)：塗片後採用熒光素標記的單克隆抗體染色，但也有假陽性，多數作者認為不如培養法敏感，較為特異。
②酶免疫測定試驗(EIA)：有Kodaksurecell，chlamydiazyme，Syva：micro：trak和IDEIA等試劑盒，採用EIA技術檢測清晨首次尿(FCU)沉渣標本中的CT抗原。
③固相酶免疫試驗：如clearviewtestpack等為一種快速免疫測定試驗，主要用於檢測宮頸標本中的衣原體抗體。
5、分子生物學檢查：
①核酸探針檢測法：近年應用的Gen-ProbePACE2系統和改良的PACE2法。
②核酸擴增檢測法：又分為兩種方法。
A。聚合酶鏈反應(PCR)：以CT主要外膜蛋白(OMP-1)作為引物，確定真陽性結果，該法快速，簡便，對檢測材料要求低，但也存在假陽性，假陰性及引物不同結果不同等不少問題。
B。連接酶鏈反應(LCR)：對CT的OPM-1靶基因用該法檢查，敏感性和特異性均極強。
四、支原體檢查
1、培養檢查：為確診支原體感染的標準方法。
2、血清學檢查：包括瓊脂擴散法，熒光素標記抗體法和微量酶聯免疫吸附試驗。
3、分子生物學檢查：同衣原體檢查。
