這是因為，目前認為密封的無菌棉籤已經開啟，如果保質得當，24小時內還是能保持無菌的;過了24小時，棉籤就難免受到空氣中微生物的汙染，此時就是“又俊棉籤”了，不再適合用於傷口的消毒處理，應重新作滅菌處理。
一般家庭平時使用棉籤並不多，也沒有條件對開封后24小時還剩餘的面前進行再次滅菌處理。因此，建議把那些棉籤當做普通的化妝棉使用，或者丟棄處理，切勿用於傷口處理。
無菌棉籤是進行皮膚消毒的必需用品，一旦受到汙染，就可能使傷口發生感染。有些人認為，反正棉籤都要蘸些酒精、碘伏等消毒液的，有點細菌不礙事。
他們不知道，消毒和滅菌是兩個不同的概念。消毒是殺滅物品上的病原微生物;滅菌是徹底殺滅物品上一切致病和非致病的微生物，包括芽孢。滅菌包括了消毒，而消毒不能代替滅菌。
也就是說，酒精、碘伏等消毒液雖然能殺滅病原微生物，但是如果棉籤不是無菌的，而是帶有芽孢等微生物的，那消毒液對其也毫無辦法，甚至消毒液還會因此受到汙染。所以，保證棉籤的無菌性，是預防感染的重要措施。
盒裝的不易被汙染無菌棉籤開啟後，為防止其外路部分受到汙染，應該在使用完畢時，把剩餘的棉籤封好口，放置在櫃內，不要隨意敞開放在桌面上。
另外，最好註明面前開封時間，一邊在下次使用時，明確其是否讓處於無菌狀態。應該用筆在膠布上寫好時間，再粘貼到無菌棉籤的外包裝袋上，而不要直接在外包裝的塑料膜或紙上用筆寫字，不然容易造成塑料膜或紙破損。
密閉的無菌棉籤開啟時，應該選擇沒有棉花包裹的尾部作為開口。紙包裝棉籤因為易受潮及破損，且包裹緊密，需要用手反覆從尾部抽出(易汙染棉籤頭)，所以最易受到汙染。
塑料袋裝棉籤開口可以較大，但最好不要打手伸進去去棉籤，而是應該用手隔著袋子把棉籤擠出來，並且在用完後及時封口。 盒裝棉籤因為能防水、防潮，所以最不容易受汙染。
同樣的，在使用時，最好是把棉籤倒出來，而不是把手伸進盒子裡取。 儘管盒裝的棉籤最不容易受汙染，打他也不能逃脫“日拋型”的命運—只要開啟超過24小時，就淪為或“打折處理”，不能再讓其肩負傷口消毒處理的重任。
