任何事物都有兩面性，雖然牛初乳有巨大的營養價值和顯著的保健功效，但是也要看到，它不可避免地有一定的副作用。廣大消費者對此要有充分的認識和足夠的瞭解。
1.抗體的特異性。
和所有動物的乳汁一樣，牛初乳所含抗體具有生物的特異性，也就是說，這些抗體大多數只能與牛易感的病原微生物相結合，只能對抗牛的疾病，只有少數抗體是和人類通用的。而那些不能通用的抗體，不但不能起到增進免疫的作用，反而會作為一種外來的“異物”，激發人體的排異反應，反而對健康不利。
2.誘發寶寶的不正常發育。
和普通牛奶相比，牛初乳的生長因子和促性腺激素含量非常高。這會導致寶寶的過度生長髮育，以及性早熟。嬰幼兒慎用。
3.牛初乳產品質量的不可控制性，以及相關營養標準的缺乏。
牛初乳的物理化學性質均與普通牛奶有很大不同，其產量較低，且質量不易控制，故不建議製成嬰幼兒食品。而且，我國目前對初乳每日攝入的推薦量沒有相關的標準，由於缺乏相關數據的支持，使得以牛初乳作為主要營養物質餵養嬰幼兒具有一定的風險。
4.幼兒服用後多見上火、齲齒等不良現象。
部分寶寶服用牛初乳後會出現上火或腹瀉的現象。牛初乳製品含糖量相對較高，殘留在寶寶口腔中，也容易造成齲齒。
