間質性肺炎的病理改變是肺部纖維化，最終導致機體缺氧。缺氧對病人是嚴重的威脅，機體有強烈反應，且不易被藥物或其他疾病因素所減弱。
1、對呼吸系統的影響
肺組織缺氧時，會使肺表面活性物質分泌減少，進入肺泡的滲出液或纖維蛋白原可降低其表面活性物質的活力，引起肺內廣泛的肺泡不張，血液流經這些萎陷肺泡的毛細血管時就不能進行氣體交換，從而形成惡性循環。
嚴重缺氧可引起不規則呼吸和潮式呼吸。缺氧越嚴重，肺心病發生的就越早。長期缺氧會使機體免疫力降低，容易發生急性呼吸道感染。
2、對腎臟的影響
低氧血癥對腎功能的影響與腎血流量有關，急性低氧血癥時腎血管阻力增加，腎血流量減少，若同時伴有低血壓，腎臟灌注不足等因素，嚴重者可導致腎小管變性。臨床可見少尿、無尿。
3、對循環系統的影響
急性缺氧的早期由於血管的直接反應和通過神經反射，心率加快、血壓升高、心輸出量增加。隨著低氧血癥的加重，會出現心律失常，繼而血壓下降，心率減慢，心輸出量減少。慢性缺氧時，心輸出量與周圍循環變化不明顯，但是肺血管阻力增加，導致右心負荷加重，右心增大，長期則形成慢性肺源性心臟病。
