畸形精子症是引起男性不育的原因之一，導致精子畸形的原因主要包括有藥物因素、內分泌紊亂、泌尿生殖系統感染、日常菸酒習慣等，男性患畸形精子症的原因具體為：
1、藥物因素：受藥物影響所致，典型的如呋喃類藥物，它可增加精子畸形率，此外，部分抗癌藥及免疫抑制劑等均可影響精子發育。
2、內分泌紊亂：過敏反應、精神性應激反應等，長期抑鬱、緊張等，會導致內分泌紊亂，從而導致精子發育異常。體內某些相關激素的分泌不平衡，從而造成畸形率增高。有實驗證實，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影響到患者曲細精管內精子的天生過程，導致精子畸形率升高。
3、泌尿生殖系統感染：泌尿生殖系統感染是導致精子畸形的重要因素。由於發生泌尿生殖感染疾病的時候，精液的中的營養成分會減少，使得精子發生畸形或者死亡。
4、日常菸酒習慣：
(1)吸菸過度：較新的研究發現，吸菸者可使畸形精子發生率顯著增高。每日抽菸超過30支的男性，其畸形精子發生率更高。吸菸時間越長，畸形精子也越多。
(2)酗酒：酗酒也是常見的造成精子畸形的原因之一。已有研究證實，酗酒產生的酒精中毒可能損傷精子，造成精子畸形率增高，同時還可造成性慾冷漠、陽痿、早洩等性功能的異常。
5、各種病原體感染：各種病原體感染會影響睪丸生精功能，導致精子畸形。生殖道和生殖腺的病原微生物感染均可造成精子畸形率高，特別是UU和CT感染，在男性生殖系統這兩種病原微生物感染尿道、前列腺和附睪較為多見。
6、物理因素：對生殖系統有影響的物理因素有輻射、電離、高溫、超聲、電流和激光，這些物理因素通過直接或間接兩種途徑作用於睪丸和附睪，導致精子數目減少，活力下降、畸形率增高。
7、精索靜脈曲張：精索靜脈曲張引起，常可導致精子發育異常而致畸形，如不成熟精子或尖頭精子等。
